物业公司收取小区绿化赔偿是否合法，需分情况判断：
合同有明确约定且合法合规时合法：
- 若在购房合同或物业服务合同中，已明确约定了小区绿化赔偿的相关条款，包括赔偿的情形、标准以及费用处理方式等，并且该收费标准经过了物价部门的备案，那么物业公司收取小区绿化赔偿是合法的。因为小区绿化作为公共区域的一部分，其维护和管理需要成本。当绿化因特定原因（如业主不当行为导致损坏）需要修复或赔偿时，按照合同约定收取赔偿费用，符合公平原则，也保障了全体业主的共同利益。
合同无明确约定或擅自收取时不合法：
- 若合同中并未明确约定小区绿化赔偿的相关事项，物业公司擅自收取绿化赔偿费用，则是不合法的。业主没有义务承担合同约定之外的费用。在这种情况下，物业公司无权单方面决定收取赔偿，业主有权拒绝支付，并可以要求物业公司说明收费的依据和合理性。
收费后未履行维护管理义务时不合法：
- 即使合同中有约定，但如果物业公司收取了绿化赔偿费用后，未能按照相关标准和要求对小区绿化进行维护管理，导致绿化状况差，没有达到应有的服务水平，那么业主也有权要求物业公司说明费用去向，并对不合理收费提出异议。因为物业公司收取费用的目的应当是为了更好地维护和管理小区绿化，如果未能履行这一义务，就失去了收费的合理性。
法律建议：
- 当遇到物业公司收取小区绿化赔偿的情况时，业主应先查看购房合同和物业服务合同中的相关约定。
- 如果认为收费不合理或合同中无相关约定，可以与物业公司进行协商，要求其提供收费的依据和合理性说明。
- 如果协商无果，业主可以向业主委员会反映情况，由业主委员会与物业公司进行沟通协商。
- 必要时，业主还可以向当地房地产管理部门或相关监管机构投诉，寻求行政监管的帮助。
- 如果问题依然无法解决，业主可以通过法律途径维护自身权益，如提起民事诉讼等。
可能法律后果：
- 如果物业公司擅自收取小区绿化赔偿费用且无法提供合法依据，可能会面临行政处罚，如罚款、责令整改等。
- 同时，物业公司还可能因违约行为而承担民事责任，如赔偿业主因此遭受的损失等。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您在房产问题（包括物业纠纷）方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。