协议用地中耕地开垦费的缴纳义务人通常是占用耕地的单位，即用地单位。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律规定的缴纳义务人

根据《中华人民共和国土地管理法》第三十条的规定，国家实行占用耕地补偿制度。非农业建设经批准占用耕地的，按照“占多少，垦多少”的原则，由占用耕地的单位负责开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地；没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地。因此，从法律层面来看，耕地开垦费的缴纳义务人就是占用耕地的单位，即用地单位。

二、协议用地中的特殊情况

在协议用地中，如果用地单位与土地所有者或使用者之间有特别约定，比如约定由土地所有者或使用者负责开垦或缴纳耕地开垦费，那么这种约定在符合法律法规的前提下是有效的。但这种约定并不改变法律规定的缴纳义务人身份，只是在实际操作中由哪一方来承担费用的问题。如果用地单位未按照约定缴纳耕地开垦费，土地所有者或使用者有权要求其履行约定或承担法律责任。

三、实际操作中的建议

1. 明确约定：在协议用地中，建议用地单位与土地所有者或使用者之间明确约定耕地开垦费的承担方，以避免后续产生纠纷。
2. 遵守法律法规：无论协议如何约定，用地单位都应遵守相关法律法规，确保在占用耕地时履行开垦或缴纳耕地开垦费的义务。
3. 咨询专业人士：在涉及协议用地和耕地开垦费的问题时，建议咨询专业律师或相关机构，以确保协议的合法性和有效性。

四、法律后果

如果用地单位未按照法律法规的规定缴纳耕地开垦费，可能会面临以下法律后果：

1. 行政处罚：相关部门可能会对用地单位进行行政处罚，如罚款、责令限期缴纳等。
2. 民事责任：如果因未缴纳耕地开垦费导致土地所有者或使用者遭受损失，用地单位可能需要承担民事赔偿责任。
3. 影响项目进展：未缴纳耕地开垦费可能会影响项目的审批和进展，导致项目无法按时进行。

如果您在协议用地或耕地开垦费方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和解决方案。