日工资的计算基数通常为应发工资，而非实发工资。具体分析如下：

1. 法律规定的计算逻辑
   根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》（劳社部发〔2008〕3号），日工资的计算公式为：
   日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（21.75天）
   其中，“月工资收入”指劳动者在法定工作时间内提供的正常劳动应得的报酬，即应发工资（包含基本工资、岗位津贴、绩效工资等固定组成部分），不包含代扣代缴的个人所得税、社保个人部分、住房公积金等费用。

2. 实发工资的排除原因
   实发工资是应发工资扣除代扣项目后的实际到手金额，其金额波动受代扣比例、专项附加扣除等因素影响。若以实发工资为基数计算日工资，会导致同一劳动者在不同月份的日工资标准不一致，违背《劳动法》中“同工同酬”的基本原则。

3. 特殊情形的处理

   • 加班工资计算：根据《劳动法》第四十四条，加班工资基数同样以应发工资为标准，但需排除非按月发放的奖金、津贴等非常规收入。
     
   • 病假工资计算：部分地区规定病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，此时计算基数仍为应发工资中的固定部分。
     
   • 经济补偿计算：依据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿的月工资标准为劳动者解除合同前12个月的应发工资平均值。

实务建议：

1. 劳动者在签订劳动合同时，应明确约定工资结构（如基本工资、绩效工资的比例），避免因基数模糊引发争议。
   
2. 用人单位在计算日工资时，需严格区分应发与实发金额，确保加班费、病假工资等符合法定标准。
   
3. 若发生争议，可要求用人单位提供工资条等证据，核实应发工资的构成及计算方式。
   

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