针对您提出的“超过行政复议期限，行政复议机构受理了，行政机关如何答辩”的问题，以下是我的详细解答：

一、核心结论

1. 行政机关应积极配合复议机关工作，提交相关证据和材料：尽管复议申请可能超过了法定期限，但既然复议机构已经受理，行政机关就有义务参与复议程序，并提交相关证据、依据和其他材料，详细说明情况。
2. 行政机关应准备后续应对，包括可能的行政诉讼：即使复议机关以超期为由不予受理或驳回申请，行政机关也应做好可能面临行政诉讼的准备，整理和保存好与具体行政行为相关的各类文件、记录等资料。

二、详细分析

（一）行政机关在复议程序中的答辩要点

1. 提交证据和材料：

   • 行政机关应按照复议机关的要求，及时提交与具体行政行为相关的证据、依据和其他材料。
   • 这些材料应能够充分证明行政行为的合法性和合理性，包括行政行为的法律依据、事实依据、程序依据等。

2. 详细说明情况：

   • 在答辩过程中，行政机关应详细说明作出具体行政行为的背景、目的、过程和结果。
   • 如果存在超期申请的特殊情况（如未告知复议权利等），行政机关也应在答辩中予以说明，但需注意，这并不改变超期申请的事实，只是为复议机关提供更全面的信息。

3. 参与听证等环节：

   • 如果复议机关组织听证等环节，行政机关应积极参与，充分行使陈述、申辩等权利。
   • 在听证过程中，行政机关可以进一步阐述自己的观点和理由，回应申请人的质疑和反驳。

（二）行政机关对后续可能的行政诉讼的准备

1. 整理和保存资料：

   • 行政机关应整理和保存好与具体行政行为相关的各类文件、记录等资料。
   • 这些资料在行政诉讼中可能作为证据使用，因此应确保其完整性和真实性。

2. 制定应对策略：

   • 行政机关应根据复议结果和申请人的可能反应，制定相应的应对策略。
   • 如果复议机关驳回申请或维持原行政行为，而申请人提起行政诉讼，行政机关应做好应诉准备，包括准备答辩状、证据材料等。

3. 关注法律变化：

   • 行政机关应关注相关法律法规的变化，确保自己的行政行为和答辩策略符合最新法律规定。
   • 如果法律发生变化，可能影响行政行为的合法性和合理性，行政机关应及时调整自己的策略和立场。

三、法律背景与建议

1. 法律背景：

   • 根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或其他组织认为行政行为侵犯其合法权益的，可以在法定期限内提出行政复议申请。
   • 如果超过法定期限提出申请，复议机关通常不予受理。但既然复议机构已经受理，就说明可能存在特殊情况或复议机关认为有必要进行审查。

2. 建议：

   • 行政机关在面对超期申请的复议案件时，应保持冷静和理性，积极配合复议机关的工作。
   • 同时，行政机关也应做好可能面临行政诉讼的准备，确保自己的权益得到充分保障。
   • 如果在复议或诉讼过程中遇到法律难题或不确定如何应对，可以随时向我咨询，我将提供专业的法律意见和帮助。

综上所述，虽然超过行政复议申请期限可能导致一些复杂情况，但行政机关仍应积极配合复议机关的工作，并做好可能面临行政诉讼的准备。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。