被告对交通事故下的伤残司法鉴定有异议时，可以在规定时间内申请重新鉴定，或通过其他法律途径维护自身权益。具体处理方式如下：
一、申请重新鉴定
时机与方式：
- 诉讼前：在收到鉴定报告后，若对鉴定结果有异议，可在规定时间内（一般为三日内，具体依当地规定）向处理事故的交通管理部门申请重新鉴定。需提交书面申请，并附上相关证据，如鉴定程序不当、依据不足等理由。
- 诉讼中：案件进入诉讼程序后，可在法院规定的举证期限内（通常为收到伤残鉴定意见书之日起15日内），向法院提出重新鉴定申请。法院将审查申请理由，决定是否准许，并可能委托其他有资质的鉴定机构进行重新鉴定。
申请流程：
- 向负责鉴定机构的上一级机构或法院提交书面申请，详细说明异议理由和依据。
- 提交相关证据材料，如医疗记录、影像学资料等，以支持重新鉴定的申请。
配合重新鉴定：
- 若重新鉴定申请获得批准，应积极配合鉴定机构的工作，提供所需材料和信息，确保重新鉴定的顺利进行。
二、向司法行政机关投诉反映
若认为司法鉴定机构或鉴定人员在鉴定过程中存在违规行为，如鉴定机构或鉴定人员不具备相应的资质、鉴定程序存在违法情况等，可向其上级主管的司法行政机关投诉，由其调查处理。投诉时需提供详细的证据材料，以支持投诉主张。
三、主动搜集其他证据推翻鉴定结论
二次鉴定：
- 通过自行委托更权威的鉴定机构进行二次鉴定，若新的鉴定结果与原鉴定不同，可向法院提出异议。
- 法院会结合具体情况对原鉴定结论的证明力进行重新考量，可能采纳新的鉴定结果作为认定案件事实的依据。
其他证据：
- 搜集与伤残相关的其他证据，如医疗记录、证人证言等，以证明原鉴定结论存在错误或不合理之处。
- 在诉讼过程中，向法院提供这些证据，以支持自己的异议主张。
四、法律途径与注意事项
诉讼手段：
- 若对重新鉴定结果仍不满意，或存在资质、程序问题，可通过向法院提起诉讼的方式，请求法院委托专业鉴定机构进行鉴定。
- 在诉讼过程中，应充分行使自己的诉讼权利，如申请鉴定人出庭作证、对鉴定结论进行质证等。
保留证据：
- 整个过程中，应妥善保管所有与鉴定相关的材料和文件，以备后续使用。这些证据材料在申请重新鉴定、提起诉讼或向司法行政机关投诉时都将发挥重要作用。
及时行使权利：
- 应及时、合理地行使异议权，避免因错过时间限制而影响自身权益。在规定的时间内提出重新鉴定申请或向司法行政机关投诉是维护自身权益的关键。
建议：在处理此类问题时，被告应积极配合相关部门的工作，必要时寻求专业律师的帮助以确保申请的合法性和有效性。同时，要保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。