和职能部门签订的协议经过公证后，是具有法律效力的。以下从几个方面为你详细分析：

公证的法律意义

公证是公证机构依据法定程序，对民事法律行为、有法律意义的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。当一份协议完成公证，意味着公证机构对其内容的真实性和合法性进行了审查与确认。从法律层面讲，经过公证的协议在证据效力上具有优势。在后续可能出现的纠纷中，法院通常会直接认可经公证的协议，除非有相反证据足以推翻该公证。

公证后协议的效力体现

1. 证明力增强：公证机构对协议进行公证时，会对协议内容的真实性、合法性进行严格审查。这能确保协议是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定。经过公证的协议，在法律上被认为具有更高的证明力和公信力。
2. 预防纠纷：公证后的协议在一定程度上能增强其公信力，减少因为协议本身存在模糊不清或者不合法条款而引发纠纷的可能性。比如在涉及财产处分等重要协议中，公证可以使协议更具可信度，从而有效预防纠纷的出现，维护当事人的合法权益。
3. 证据效力：在纠纷发生时，公证文书可以作为有力的证据使用。法院在审理案件时，往往会直接采纳经公证的协议作为认定事实的依据，除非有相反证据足以推翻公证内容。

公证后协议效力的相对性

虽然协议经过公证后具有较强的法律效力，但这并不意味着其效力是绝对的。如果存在欺诈、胁迫等导致协议可撤销的法定情形，当事人仍可通过法律程序申请撤销协议。同时，如果发现公证存在程序违法等问题，如公证过程中存在严重违反法定程序的行为，或者有新的关键证据表明公证内容存在重大错误等情况，也可能影响公证文书的效力。

未公证协议的效力

需要明确的是，即便协议没有经过公证，只要它是双方真实意思的表达，内容不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体和他人的合法权益，协议本身在法律上也是有效的。只是相对于经过公证的协议，未公证的协议在证据效力和公信力方面可能稍显不足。

建议：

• 根据实际情况决定是否公证：如果协议涉及重要权益，如财产处分、重大合作等，为了增强协议的证明力和公信力，预防纠纷，建议对协议进行公证。
• 确保协议内容合法有效：无论是否进行公证，都应确保协议内容真实、合法，不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体和他人的合法权益。
• 保留相关证据：即使协议经过公证，也应保留与协议相关的其他证据，如沟通记录、付款凭证等，以备不时之需。

如果你在和职能部门签订协议或公证过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。