在劳动仲裁期间，若老板注销了营业执照，劳动者的合法权益依然可以得到有效保障，但可能会面临一些程序上的复杂性和挑战。以下是对此情况的综合法律分析及应对策略：
一、法律后果分析
仲裁程序可能受影响：
- 营业执照注销意味着该主体的法人资格终止，在仲裁中可能会影响到被申请人的主体资格认定。对方可能会主张仲裁主体不适格，虽然仲裁机构可能会根据具体情况决定是否继续审理，但确实存在程序波折的风险。
执行难度增加：
- 即便仲裁裁决作出，执行也可能面临困难。因为已注销的企业，其可供执行的财产可能减少甚至无财产可供执行，这会影响胜诉方权益的实现。
可能被认定为恶意逃避债务：
- 如果注销行为被认定为恶意逃避债务等违法行为，相关责任人可能要承担法律责任，如赔偿对方因注销行为导致的损失等。
二、应对策略
追加当事人：
- 在公司注销后，劳动者可以申请追加股东、实际控制人或清算组成员为仲裁当事人，以追究其责任。特别是对于有限责任公司，如果未经依法清算即注销，股东或承诺对公司债务承担责任的第三人需承担相应民事责任。
采取财产保全措施：
- 发现注销迹象时，劳动者应及时向仲裁委员会或法院申请财产保全，防止财产转移或隐匿，确保未来裁决能够得到有效执行。
与工商部门沟通：
- 劳动者可以向工商行政管理部门反映注销情况，核实注销的合法性。如果发现注销过程存在违法违规行为，工商部门将依法进行处理。
提起法律诉讼：
- 如果仲裁受阻或裁决无法执行，劳动者可以向法院提起诉讼，要求责任人承担法律责任。在诉讼过程中，劳动者需要准备充分的证据来支持自己的主张。
证据保全与收集：
- 劳动者应整理并保全所有与雇佣关系有关的文件和证据，如工资条、劳动合同、工作证等，以确保在仲裁或诉讼中有充足的证据支持自己的主张。
寻求专业法律援助：
- 劳动者可以联系专业劳动法律顾问，获取法律意见和诉讼策略，以更有效地应对这一复杂局面。
报告劳动部门：
- 劳动者还可以向当地劳动监察部门报告情况，寻求进一步帮助或建议。劳动监察部门有权对违法用工行为进行调查和处理。
关注债权债务清算：
- 劳动者应密切关注公司注销前的债权债务清算进程，及时申报债权，以保护自身权益。如果清算过程存在违法违规行为，劳动者可以向相关部门举报。
三、注意事项
- 保持冷静理性：面对这种情况，劳动者应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言论，以免对自己造成不利影响。
- 密切关注进程：劳动者应密切关注公司注销进程和清算情况，及时采取措施保护自己的权益。
- 选择专业律师：在处理此类复杂法律问题时，劳动者应选择具有专业资质和丰富经验的律师或法律机构提供援助。
综上所述，劳动仲裁期间老板注销营业执照并不等同于劳动者权益的丧失。通过综合运用法律手段，劳动者完全有能力维护自身的合法权益。如果劳动者在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。