分公司将收款进总公司账户，在符合一定条件下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律地位与责任基础
根据《中华人民共和国公司法》第十四条，公司可以设立分公司，但分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。这意味着分公司作为总公司的附属机构，虽然可以独立开展业务活动，但其所有法律责任最终都将由总公司来承担。这一法律规定为分公司代收款（包括将收款进总公司账户）行为的合法性提供了基础。
二、合法性条件
总公司明确授权：
- 分公司代收款（包括将收款进总公司账户）必须获得总公司的书面授权，明确允许其代总公司或其他关联主体进行收款业务。
- 授权文件应详细列明代收款的范围、额度、期限等关键事项，以确保代收款行为在授权范围内进行。
符合财务和税务规范：
- 在财务处理上，分公司必须有清晰、准确的账目记录，能够明确反映款项的来源、去向及与相关业务的关联。
- 税务方面，代收款行为必须符合税收法规，不能利用代收款来逃避纳税义务或进行其他税务违法行为。分公司应准确核算代收款项对应的税费，并按时申报缴纳。
以恰当名义代收：
- 分公司应明确以总公司或授权主体的名义代收款项，避免以自身名义擅自代收与自身业务无关或未经授权的款项。
- 在代收款项的凭证、票据等文件上，应准确注明款项所属主体，以免引起财务混乱和法律纠纷。
三、实际操作要求与风险防控
- 严格遵守规定：分公司在代收款过程中，必须严格遵守相关法律法规和总公司的规定，确保收款行为的合法性。
- 及时转交款项：代收款后，分公司应及时将款项转交给总公司，并按照总公司的要求进行账务处理，确保资金的合规流转。
- 风险防控：若分公司未获得总公司授权或超出授权范围代收款，或存在财务造假、税务违规等情况，将面临民事纠纷、行政处罚等法律后果。例如，客户对资金流向产生疑虑引发经济纠纷，或税务机关发现通过代收款隐瞒收入逃避纳税而责令补缴税款、加收滞纳金并给予罚款等处罚。
四、实际案例与启示
在实际操作中，已有不少分公司成功代收款并将款项进总公司账户的案例。这些案例中，分公司均获得了总公司的明确授权，并严格遵守了财务和税务规范。同时，它们也以恰当的名义代收款项，避免了法律纠纷和财务风险。这些案例启示我们，只要分公司代收款行为符合上述条件，就是合法的。
建议：在实际操作中，分公司应谨慎行事，确保代收款行为的合法性和规范性。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。