事业单位员工因身体原因不能胜任工作而辞职，合同期不满一般不需要交违约金。具体分析如下：
一. 一般情况下的处理
劳动者享有依法解除劳动合同的权利：根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，劳动者享有依法解除劳动合同的权利。若劳动者因身体原因无法继续履行劳动合同，且已履行了提前通知等法定程序，是合法的离职行为。
不属于违约行为：在这种情况下，劳动者的离职行为不属于违约行为，因此用人单位不能要求劳动者支付违约金。
二. 特殊情况下的处理
存在服务期协议或专项培训协议：如果劳动者与用人单位之间存在服务期协议或专项培训协议，并且劳动者在服务期未满时因身体原因辞职，那么可能需要根据协议约定承担相应的违约责任。
服务期协议：根据《事业单位人事管理条例》及《劳动合同法》的相关规定，如果事业单位在招聘时明确要求最低服务年限，并在合同中约定了违约金条款，那么未满服务期辞职可能需要赔偿。但赔偿金额一般不超过服务期尚未履行部分所应分摊的费用。
专项培训协议：根据《劳动合同法》第二十二条，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。
离职行为给用人单位造成实际损失：即便劳动者因身体原因离职，若其离职行为给用人单位造成了实际损失，用人单位有权要求劳动者承担赔偿责任。但此赔偿责任与违约金性质不同，是基于劳动者的过错行为导致的损失赔偿。
三. 总结与建议
是否需要赔偿违约金需根据具体情况判断：事业单位员工因身体原因不能胜任工作而辞职，合同期不满是否需要交违约金，需要根据具体的劳动合同约定以及实际情况来判断。
建议：在签订劳动合同时，劳动者应仔细阅读合同条款，特别是关于服务期、专项培训、违约金等方面的约定。如有不明确或不合理之处，应及时与用人单位沟通协商。在离职时，劳动者应履行提前通知等法定程序，并与用人单位协商解决相关问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。