未进行婚姻登记且不在一起生活的情况下，所写的协议是否有效，需根据协议的具体内容和性质来判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容若涉及财产分割或债务承担
若协议内容合法且不违反公序良俗：
- 即使双方未进行婚姻登记，也不在一起生活，只要协议是双方真实意思的表示，且内容合法（如财产分割、债务承担等），该协议通常会被认定为有效。
- 例如，双方同居期间共同购置的财产，在分手时通过协议进行分割，只要分割方式公平合理，且不违反法律规定，该协议即具有法律效力。
若协议内容违法或违反公序良俗：
- 例如，协议中约定一方必须承担全部债务，而该债务实际上应由双方共同承担，或者协议中包含对一方人身自由的限制等，这些条款可能会被认定为无效。
- 此外，如果协议内容涉及非法活动，如赌博债务的承担等，该协议也将被认定为无效。
二、协议内容若涉及身份关系（如抚养权、监护权等）
身份关系协议通常无效：
- 由于身份关系具有强烈的人身属性，且受到法律的严格保护，因此，即使双方签订了关于抚养权、监护权等身份关系的协议，该协议也可能因违反法律规定而被认定为无效。
- 例如，双方未进行婚姻登记，但约定了子女的抚养权归属，这种约定在法律上通常是不被认可的。
特殊情况下的身份关系处理：
- 在某些特殊情况下，如双方存在事实婚姻关系（尽管未进行婚姻登记），且子女由双方共同抚养多年，此时关于子女抚养权的约定可能会在一定程度上得到法律的认可。但这种情况较为复杂，需要具体分析。
三、协议的形式要件
书面形式的重要性：
- 无论协议内容如何，为了保障双方的权益，建议将协议以书面形式固定下来。口头协议在发生纠纷时往往难以证明，而书面协议则具有更强的证据力。
签字或盖章的效力：
- 协议应由双方签字或盖章确认，以表明双方对协议内容的认可和接受。未经双方签字或盖章的协议，其法律效力可能会受到质疑。
法律建议
- 在签订协议前，建议咨询专业律师：由于协议的法律效力受到多种因素的影响，包括协议内容、形式要件以及双方的身份关系等，因此在签订协议前，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见。
- 保留相关证据：在协议履行过程中，双方应保留好与协议相关的证据，如转账记录、聊天记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
- 及时通过法律途径解决纠纷：如果双方在协议履行过程中发生纠纷，且无法通过协商解决，建议及时通过法律途径解决纠纷，以避免损失扩大。
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