公司按最低工资标准缴纳住房公积金，在多数情况下是不合法的，除非特定地区有特别规定且满足相关条件。以下是对此问题的详细分析：

合法性分析

1. 一般规定：

   • 根据《住房公积金管理条例》的明确规定，职工住房公积金的月缴存额应基于职工本人上一年度月平均工资，并乘以相应的缴存比例。这意味着公积金的缴纳应当与员工的实际工资挂钩，而非简单地按照最低工资标准来执行。

2. 特殊规定：

   • 部分地区存在特殊规定：若职工工资低于当地上一年社会平均工资的60%，则可能按照该社会平均工资的60%作为缴费基数。在这种情况下，如果当地的最低工资标准达到或高于此下限要求，公司按最低工资缴纳公积金可能是合规的。但除此之外，公司按最低工资标准缴纳公积金通常是不符合规定的。

对员工权益的影响

1. 公积金账户积累减少：

   • 按照最低工资标准缴纳公积金会导致员工每月公积金账户的入账金额减少，长期累积下来，公积金账户的总额将明显低于按实际工资缴纳的情况。

2. 贷款额度受限：

   • 公积金贷款额度往往与公积金账户余额、缴存基数等因素紧密相关。较低的缴存基数可能会降低员工在购房时可申请的公积金贷款额度，从而增加其购房的资金压力。

员工应对措施

1. 与公司沟通：

   • 员工可以首先尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司按照最低工资标准缴纳公积金的具体原因，并要求公司按照规定以本人的实际工资为基数进行缴存。

2. 向公积金管理中心投诉：

   • 如果与公司沟通无果，员工可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉。投诉时，应准备好相关证据材料，如劳动合同、工资条、银行工资流水等，以便证明自己的实际工资情况。住房公积金管理中心在接到投诉后，会进行调查核实，并根据实际情况责令公司限期整改。

3. 法律途径维权：

   • 如果因为公司未足额缴纳公积金给员工造成了实际损失（如影响公积金贷款额度导致购房成本增加），员工可以通过劳动仲裁或诉讼的方式要求公司赔偿损失。

违法后果

1. 法律责任：

   • 如果单位未按规定基数缴存公积金，职工有权向住房公积金管理中心投诉。管理中心在核实情况后，将责令单位限期办理；逾期不办理的，单位将面临1万元以上5万元以下的罚款。

2. 补缴与强制执行：

   • 对于少缴的公积金，单位需要依法进行补缴。如果单位逾期仍不缴存，住房公积金管理中心可以申请人民法院强制执行，以确保职工的合法权益得到保障。

总结与建议：公司应严格按照《住房公积金管理条例》及当地相关政策规定来缴纳公积金，确保以职工本人上一年度的月平均工资为基数，按照规定的比例缴存。员工应了解自己的权益，并在发现公司存在违规行为时及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。