农转非侄子购买别人土地盖的房子，跟他父亲合法占用共有土地建房，这两者之间在法律上一般是没有直接关系的。下面我从几个角度来详细分析这个问题：
一、土地性质与使用权
农转非侄子的土地购买：
- 农转非侄子购买的是别人的土地，这通常涉及到土地使用权的转让。在我国，土地使用权是可以依法转让的，但必须符合相关法律法规，如《土地管理法》等。
- 侄子购买土地后，在该土地上建房，其房屋所有权和土地使用权是相联系的。但这一行为仅涉及侄子个人或其家庭（如果土地使用权是转让给其家庭的）的土地使用权和房屋所有权。
父亲合法占用共有土地建房：
- 父亲合法占用共有土地建房，这里的“共有土地”可能指的是家庭共有土地或集体共有土地。如果是家庭共有土地，那么父亲作为家庭成员之一，有权在符合法律法规和家庭协议的前提下使用该土地建房。
- 如果是集体共有土地，父亲的使用权则需要依据集体土地的管理规定和分配方案来确定。
二、法律关系的独立性
- 侄子购买土地建房和父亲占用共有土地建房，这两个行为在法律上是独立的。它们分别涉及不同的土地使用权和房屋所有权，除非有特定的法律关系（如继承、赠与等）将两者联系起来，否则它们之间没有直接的关联。
三、可能的法律风险与注意事项
土地使用权转让的合法性：
- 侄子购买土地时，必须确保土地使用权的转让是合法的，包括转让方是否拥有合法的土地使用权、转让是否经过相关部门的批准等。
共有土地使用的合规性：
- 父亲在占用共有土地建房时，必须确保符合相关法律法规和集体或家庭协议的规定。如果未经批准或违反规定使用土地，可能会面临法律责任。
避免产权纠纷：
- 无论是侄子还是父亲，在建房过程中都应确保产权清晰，避免因产权不明而引发的纠纷。这包括办理相关的土地使用权证和房屋所有权证等手续。
四、建议与措施
- 了解法律法规：在进行土地购买或建房前，应充分了解相关的法律法规和政策规定，确保行为的合法性。
- 咨询专业人士：如果涉及复杂的法律问题或产权纠纷，建议咨询专业的律师或法律机构，以获取准确的法律意见和帮助。
- 办理相关手续：在购买土地或建房过程中，应及时办理相关的土地使用权证和房屋所有权证等手续，确保产权的清晰和合法。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况和需求，提供专业的法律意见和解决方案。