若永久基本农田被违法回填红土，核心处理方向是依法恢复原状并追究责任，具体需分情况处理：

1. 若回填行为未获合法审批，属于违法占用耕地
   根据《土地管理法》第七十五条，占用永久基本农田发展林果业或挖塘养鱼等破坏种植条件的行为，由县级以上政府自然资源主管部门责令限期改正或治理，可并处罚款（每平方米100-1000元）。若回填红土导致农田无法耕种，需立即停止施工，恢复土地原状（清除红土、复垦为可耕种状态），否则可能面临强制执行及高额罚款。

2. 若回填行为涉及污染或生态破坏，可能触犯环境法律
   若回填的红土含有污染物（如建筑垃圾、工业废料），导致土壤污染或地下水污染，则同时违反《土壤污染防治法》第八十七条。此时除恢复土地外，还需承担环境修复费用，并可能被处以罚款（修复费用1-3倍）。若污染严重，相关责任人可能被追究刑事责任（如污染环境罪）。

3. 若回填行为有合法手续但程序违规，需补正或撤销审批
   若回填行为基于某项目审批（如土地平整），但审批过程中存在程序违法（如未公示、未听证），可依据《行政许可法》第六十九条申请撤销审批，并要求责任方恢复土地。此时需收集审批文件、公示记录等证据，通过行政复议或诉讼主张权利。

建议行动步骤：

• 立即固定证据（拍照、录像、保存施工合同等）；
  
• 向当地自然资源局举报违法回填行为，要求立案调查；
  
• 若涉及污染，同步向生态环境局举报，要求检测土壤；
  
• 若协商或行政处理无果，可向法院提起民事诉讼（要求恢复原状、赔偿损失）或行政诉讼（撤销违法审批）。
  

关键法律依据：

• 《土地管理法》第三十五条（永久基本农田保护）、第七十五条（破坏耕地责任）；
  
• 《土壤污染防治法》第八十七条（污染土壤责任）；
  
• 《刑法》第三百三十八条（污染环境罪）。
  

若有具体细节（如回填方身份、审批文件等），可进一步提供，我会帮你分析责任主体及维权路径。