股权转让纠纷中，双方是可以约定公司所在地管辖的，但需满足一定条件。具体分析如下：
一、股权转让纠纷可约定管辖的一般原则
根据我国《民事诉讼法》及相关司法解释的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。在股权转让纠纷中，若双方当事人在合同中明确约定了管辖法院，且该约定符合法律规定，那么在纠纷发生时，应按照约定确定管辖法院。
二、公司所在地作为管辖地的特殊情形
合同履行地与公司注册地的关联：在股权转让纠纷中，合同履行地往往与目标公司的注册地（即公司所在地）有密切联系。因为股权转让行为通常需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成。因此，将公司所在地作为管辖地，不仅符合合同履行地的原则，也便于案件的审理和执行。
涉及公司设立等专属管辖的情形：需要注意的是，如果股权转让纠纷涉及公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等专属管辖的情形，那么应由公司住所地人民法院管辖，此时不能通过约定改变管辖法院。这是因为这些纠纷直接关系到公司的组织结构和运营，需要由公司所在地的法院进行专门审理。
三、实际操作中的建议
明确约定管辖条款：在签订股权转让合同时，双方应明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律规定。约定时，可以考虑将公司所在地作为管辖地之一，以便在纠纷发生时能够迅速确定管辖法院。
注意专属管辖的限制：在约定管辖条款时，双方应特别注意不得违反专属管辖的规定。如果纠纷涉及公司设立等专属管辖的情形，那么应直接由公司住所地人民法院管辖，无需再行约定。
保留相关证据：在股权转让过程中，双方应保留好与纠纷相关的所有证据，包括合同、付款凭证、股权转让手续等。这些证据在纠纷发生时将起到至关重要的作用。
举例说明：假设甲和乙签订了一份股权转让合同，约定如果发生纠纷，由公司所在地（即目标公司注册地）的法院管辖。后来，双方因股权转让事宜产生纠纷。在这种情况下，如果纠纷不涉及公司设立等专属管辖的情形，那么应按照合同约定，由公司所在地的法院管辖。
综上所述，股权转让纠纷中双方可以约定公司所在地管辖，但需确保该约定符合法律规定，并特别注意不得违反专属管辖的规定。如果你在股权转让过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。