关于“特别自首如何认定案件”的问题，这涉及到法律中特殊自首的认定标准和程序。以下是我为您提供的详细解答：

一、特殊自首的定义与条件

特殊自首，是指在不具备“自动投案”这一法定要件情况下，基于法律或司法解释的规定仍“以自首论”的特殊情形。其认定条件相较一般自首更加严格，主要适用于被调查人已经处于监察机关的控制之下，不再具有自动投案的条件，但如实供述了自己尚未被监察机关掌握的犯罪行为。

二、特殊自首的认定依据

1. 监察法实施条例的相关规定：

   • 监察法实施条例第二百一十五条对监察法第三十一条第(二)项的规定进行了细化，为认定被调查人“积极配合调查工作，如实供述监察机关还未掌握的违法犯罪行为的”提供了规范依据。

2. 判断罪行是否已被监察机关掌握：

   • 参照《2010年意见》第三条规定的司法机关“已掌握罪行”的三个判断标准：是否在通缉令发布范围内、是否已录入全国公安信息网络在逃人员信息数据库、司法机关是否已实际掌握该罪行。
   • 实践中，监察机关的线索来源多样，包括信访举报、巡视(巡察)反馈、日常监督中发现、查办案件中自行发现等。若被调查人交代的罪行与监察机关掌握的线索所指向的问题一致，则属于监察机关已掌握的罪行。

3. 判断“法律、事实上密切关联”：

   • “法律上密切关联”指不同犯罪的构成要件有交叉、相近关系或存在对合(对向)关系、因果关系、目的关系、条件关系等牵连关系。
   • “事实上密切关联”指不同犯罪在时间、地点、动机、行为、对象、结果等客观事实方面有密切联系。
   • 判断时需结合犯罪构成要件理论，研判罪行供述的完整性和充分性。

三、特殊自首与坦白的区别

• 监察法实施条例第二百一十五条第一款规定的四种情形中，第(一)(二)项属于特殊自首，第(三)(四)项则属于坦白。
• 对于实践中争议较大的情形，如“被调查人交代了监察机关未掌握的大部分同种犯罪事实”或“被调查人供述对定案证据的收集有重要作用”，监察机关可依据相关规定按坦白处理。

四、实践中需要注意的问题

1. 认罪认罚与量刑情节的关系：

   • 根据《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》第9条的规定，认罪认罚作为独立的量刑情节，与坦白、自首、立功等量刑情节不作重复评价。

2. 重视坦白的量刑意义：

   • 在职务犯罪尤其是贪腐类犯罪中，坦白所起的作用不一定小于自首等法定量刑情节。对于依法不成立特殊自首的，应进一步研判是否可以认定为坦白。

3. 做好释法说理工作：

   • 从宽处罚建议涉及被调查人的切身利益。对于不符合特殊自首条件的，监察人员应及时向被调查人进行解释说明。

综上所述，特殊自首的认定需要综合考虑多个因素，包括被调查人的悔罪态度、对查清案件事实的贡献程度、罪行是否已被监察机关掌握以及罪行之间的法律或事实上密切关联等。希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问，请随时咨询。