公司章程不能规定小股东不享有合法权益，这样的规定是违法的且无效的。以下从不同角度为您详细分析：

法律原则角度

根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东权利是法定的，公司章程作为公司内部的自治规则，其内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。股东，无论持股比例大小，都依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。这些权利是股东作为公司投资者所固有的，不受公司章程或其他内部规定的剥夺或限制。因此，公司章程若规定小股东不享有合法权益，直接违反了公司法的强制性规定，该条款自始无效。

股东权利内容角度

1. 资产收益权：股东有权按照其实缴的出资比例分取红利。这是股东最基本的权利之一，公司章程无权剥夺。
2. 参与重大决策权：股东有权通过股东会或股东大会参与公司的重大决策，如修改公司章程、增加或减少注册资本、决定公司的合并、分立、解散等。这些决策对公司的发展至关重要，小股东同样享有参与权。
3. 选择管理者权：股东有权选举和被选举为公司的董事、监事，从而参与公司的日常管理。这是股东对公司控制权的重要体现，公司章程不得限制。

实际操作与后果角度

如果公司章程中确实存在此类违法条款，小股东可以依法采取以下措施：

1. 提出异议：小股东可以在股东会上提出异议，要求修改或废除该违法条款。
2. 寻求法律救济：若公司拒绝修改，小股东可以向人民法院提起诉讼，请求确认该条款无效，并要求公司承担相应的法律责任。
3. 行使股东权利：在违法条款被确认无效前，小股东仍应积极行使自己的股东权利，如参与股东会、查阅公司账簿等，以维护自己的合法权益。

特殊情况与例外

虽然公司章程不能剥夺小股东的合法权益，但在某些特殊情况下，如为了保护公司或其他股东的利益，公司章程可以对股东权利的行使作出一定的限制或约束。然而，这种限制或约束必须合法、合理，且不得违反公司法的强制性规定。例如，公司章程可以规定股东在特定情况下需承担的违约责任或赔偿责任，但不得因此剥夺股东的基本权利。

公司章程不能规定小股东不享有合法权益。这样的规定不仅违法，而且无效。小股东应依法行使自己的股东权利，并在必要时寻求法律救济。如果您作为小股东遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。