在处理以物抵债协议的管辖法院确定问题时，我们首先要明确的是，管辖法院的确定通常依赖于协议中的约定以及法律规定的法定管辖原则。以下是对这一问题的详细解答：

一、协议约定管辖

1. 存在明确约定：如果以物抵债协议中明确约定了管辖法院，并且该约定符合《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定（即所选法院与争议有实际联系，如被告住所地、合同履行地等），那么应当按照协议中的约定来确定管辖法院。

二、法定管辖原则

1. 未约定管辖：若以物抵债协议中未约定管辖法院，则需依据法定管辖原则来确定。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

   • 被告住所地：即债务人（被告）的注册地或主要办事机构所在地。

   • 合同履行地：合同履行地的确定需结合协议内容来判断。具体来说：

     • 若协议中约定的抵债之物为货币，则接收货币一方所在地为合同履行地。
     • 若协议中约定的抵债之物为不动产，则不动产所在地为合同履行地。
     • 若协议中约定的抵债之物为其他标的（如货物、服务等），则履行义务一方所在地为合同履行地。

三、特殊情形处理

1. 涉及不动产物权纠纷：如果以物抵债协议实际涉及不动产物权纠纷（如产权归属争议），则可能适用不动产专属管辖原则，即由不动产所在地人民法院管辖。但需要注意的是，单纯要求履行过户义务的纠纷，仍应按合同纠纷处理，不适用专属管辖。

四、实际案例分析

以您提供的案例为例，新疆某商贸公司与被告新疆某房地产公司等因工业品买卖合同产生纠纷，并签订了《以物抵债协议》。后因房产过户问题协商未果，新疆某商贸公司向乌鲁木齐垦区人民法院提起诉讼。在此案中，由于以物抵债协议并未改变原债权债务关系的本质，且原告选择以基础法律关系提起诉讼，因此一审法院根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，认定其对本案具有管辖权，并驳回了被告的管辖权异议。

五、建议与总结

在签订以物抵债协议时，建议双方谨慎约定管辖条款，明确争议时的管辖法院，以避免因管辖问题耗费时间和精力，影响自身权益的实现。同时，在遇到以物抵债协议纠纷时，应准确理解和运用法律规定来确定管辖法院，以便顺利通过诉讼途径解决纠纷。

综上所述，以物抵债协议的管辖法院确定问题需结合协议约定、法定管辖原则以及特殊情形处理来进行综合判断。