发票金额与最终付款不一致时，如果双方签订了补充协议，应按照补充协议的内容执行，并确保协议内容合法、有效，同时符合税务相关规定。具体分析如下：

一. 补充协议的作用

1. 明确双方权利义务：补充协议作为原合同的补充或修改，能够明确双方在发票金额与付款金额不一致情况下的权利义务，是处理此类问题的直接依据。
2. 合法合规性：补充协议的内容应遵守相关法律法规，特别是税法规定，确保协议的合法性。

二. 处理发票金额与付款金额不一致的情况

1. 依据补充协议执行：如果补充协议中明确规定了发票金额与付款金额不一致的处理方式，如差额的处理、发票的开具等，双方应按照协议执行。
2. 确保税务合规：在处理发票金额与付款金额不一致时，应确保符合税务相关规定，避免因处理不当而引发税务风险。例如，如果补充协议涉及发票金额的变更，可能需要向税务机关进行备案或说明。

三. 注意事项

1. 审查补充协议内容：在签订补充协议前，应仔细审查协议内容，确保其合法、有效，并符合双方的真实意愿。
2. 保留相关证据：为防止后续可能出现的纠纷，双方应保留好与发票金额、付款金额及补充协议相关的所有证据，如合同、发票、付款凭证、补充协议等。

四. 法律依据

• 根据《发票管理办法》第二十四条，任何单位和个人应当按照发票管理规定使用发票，不得有违反发票管理规定的行为。虽然该条款未直接涉及发票金额与付款金额不一致的处理，但强调了发票使用的规范性，补充协议的处理也应遵循这一原则。

我建议，在处理发票金额与最终付款不一致的问题时，双方应首先依据补充协议的内容进行协商和处理。同时，务必确保协议内容的合法性和税务合规性，以避免可能的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。