当法院认定的罪名与检察院指控的罪名不一致时，程序上的处理方式是一个严谨且多步骤的过程，旨在确保司法裁判的公正性、合法性和准确性。以下是对这一问题的详细解答：

一、法院的独立审查与判断

首先，法院在接到检察院的指控后，会充分审查案件的事实、证据以及相关的法律规定。这一过程中，法院不仅会核对检察院指控罪名所依据的证据和法律条款是否准确恰当，还会根据案件的具体情况，独立进行判断。法院会综合考量犯罪构成要件、行为性质、危害后果等多方面因素，以确定最终的罪名。

二、庭审中的说明与辩论

若法院经审查后认为检察院指控的罪名有误，它会在庭审中充分说明理由。此时，法院会与检察院就法律适用问题展开深入的辩论。通过摆事实、讲道理，并依据法律条文，法院会阐述为何其认定的罪名与检察院的指控不同。这一过程确保了双方都有机会充分表达自己的观点，并促进了司法裁判的透明度和公正性。

三、保障控辩双方的辩论权利

当法院决定改变罪名时，它会严格遵循法定程序，重新给予控辩双方就新罪名进行辩论的机会。这一步骤至关重要，因为它保障了控辩双方能够充分发表意见，从而确保了司法裁判的全面性和准确性。同时，法院也会确保被告人及其辩护人有足够的时间准备辩护，以维护其合法权益。

四、判决书的详细阐述

在判决书中，法院会详细阐述改变罪名的依据和推理过程。这一部分内容会做到有理有据，使当事人及社会公众能够理解司法裁判的公正性和合法性。通过清晰的阐述，法院不仅展示了其裁判的逻辑性和合理性，还增强了司法裁判的说服力和公信力。

五、以法院判决为准的原则

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，法院拥有独立的审判权，有权根据事实和法律对被告人的罪名作出认定。因此，当检察院与法院在罪名认定上产生争议时，应以法院判决的罪名为准。这一原则体现了司法裁判的权威性和终局性，确保了司法公正和法律权威的维护。

综上所述，当法院认定的罪名与检察院指控的罪名不一致时，程序上的处理方式是一个严谨、多步骤且确保公正的过程。通过这一过程，法院能够准确适用法律，维护司法公正和法律权威。