若犯罪所得被用于成立公司，该公司的处理方式需根据具体情况分情况讨论，核心结论如下：

1. 公司资产可能被追缴，公司或面临解散
   根据《刑法》第六十四条，犯罪所得及其产生的收益应当予以追缴、退赔。若公司成立时的注册资本、设备、场地等核心资产均来源于犯罪所得（如诈骗、贪污、洗钱等违法所得），司法机关可依法查封、扣押、冻结公司资产，并追缴至受害方或国库。若公司无合法财产支撑运营，可能因“资不抵债”或“丧失经营基础”被依法解散。

2. 公司可能被认定为“犯罪工具”，相关责任人承担刑事责任
   若公司成立的目的本身就是为了掩饰、隐瞒犯罪所得（如通过公司账户洗钱），或公司实际控制人利用公司名义实施犯罪（如虚开发票、非法集资），则公司可能被认定为“犯罪工具”。此时，不仅公司资产会被追缴，直接负责的主管人员和其他直接责任人还可能因《刑法》中的相关罪名（如洗钱罪、掩饰隐瞒犯罪所得罪）被追究刑事责任，面临有期徒刑、罚金等处罚。

3. 若公司存在合法经营部分，可能部分保留但需剥离违法关联
   若公司部分资产来源于合法经营（如部分注册资本为合法收入，或公司成立后通过合法业务盈利），司法机关会区分合法与非法部分。非法部分（如犯罪所得投入的资产）将被追缴，合法部分可能保留，但公司需剥离与犯罪行为的关联（如更换股东、调整业务）。若公司无法完成“合法化”改造，仍可能被解散或强制清算。

具体处理流程：

• 司法机关（如公安、检察院）会先调查公司资产来源，确认是否涉及犯罪所得；
  
• 若确认违法，会通过刑事诉讼程序追缴资产，并可能对公司采取查封、冻结措施；
  
• 民事赔偿阶段，受害方可通过诉讼要求公司（或股东）在犯罪所得范围内承担赔偿责任；
  
• 行政监管部门（如市场监管局）可能根据公司违法情况吊销营业执照或限制经营。
  

建议：若您或您关联的公司涉及此类问题，需立即整理公司资产来源证据（如合法收入证明、交易合同），并配合司法调查。如有疑问，可直接向我咨询具体应对方案。