合同专用章在合同签订中具有法律效力，其使用代表法人或组织对合同条款的认可和接受，合同依法成立并生效后，对双方当事人均具有法律约束力。

一、法律效力及依据

1. 代表法人意志：合同专用章的使用，代表法人或组织对合同内容的确认和接受，是法人真实意愿的体现。《民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，盖章是合同成立的有效方式之一，而合同专用章作为专门用于合同签订的印章，其法律效力不容忽视。

2. 确认合同关系：合同专用章的加盖，意味着合同双方的权利义务关系得以明确和固定。一旦合同生效，双方必须严格按照合同约定履行各自义务，否则将承担法律责任。

二、特殊情况下的效力判断

• 印章真实性：若合同专用章系伪造，或盖章行为不符合法定程序，该盖章行为可能无效。因此，在签订合同时，应仔细核对印章的真实性和有效性。
• 盖章人权限：盖章人需得到法人或组织的授权，且在授权范围内盖章。未经授权或超越权限的盖章行为，可能影响合同的效力。

三、使用建议与风险防范

1. 加强印章管理：建议建立健全印章管理制度，确保印章的保管、使用和废止流程规范，防止印章被滥用或盗用。
2. 谨慎审查合同：在签订合同前，应仔细审查合同条款，确保内容合法合规，并核对对方提供的合同专用章的真实性和有效性。
3. 及时咨询专业意见：如遇合同专用章相关争议或疑问，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。

综上所述，合同专用章在合同签订中具有重要的法律效力，但其使用也需谨慎，并应注意相关风险防范措施。通过加强印章管理、谨慎审查合同以及及时咨询专业意见，可以有效降低因合同专用章引发的法律风险。