合同上面用笔自己写的补充协议，在特定条件下是有效的。以下是对此问题的详细分析：
有效情形
双方真实意思表示且协商一致：
- 合同是双方当事人意思表示达成一致的协议。手写补充内容需是双方自愿、平等协商的结果，确保每方都充分理解并同意补充的内容。例如，甲乙双方在合同签订后就某些细节进行协商，并在合同上手写补充，之后双方签字确认，这种补充即有效。
符合法律规定：
- 手写补充内容必须严格遵守国家法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。如租赁合同中关于租金调整的补充条款，需符合当地房屋租赁价格管理的相关法规。
形式完备：
- 为确保法律效力，手写补充内容应由双方当事人在旁边签字、盖章或按手印，并注明日期。这表示双方对补充内容的明确认可和确认。例如，在工程承包合同中，对变更条款的手写补充需经双方签字并标注日期。
清晰、准确、无歧义：
- 补充内容应表述清晰，避免模糊和歧义，以确保双方对条款的理解一致，减少未来可能的纠纷。
无效情形
违反法律强制性规定：
- 如手写补充内容涉及违法活动，如买卖国家禁止流通的物品，则该补充内容自始无效。
存在欺诈、胁迫等不正当手段：
- 若一方在受到欺诈、胁迫等情况下被迫同意手写补充内容，该内容并非其真实意思表示，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销。例如，甲通过威胁乙的人身安全迫使其接受不利条款，乙可申请撤销。
未经授权代签：
- 未经合同当事人授权，第三方擅自添加手写补充内容并代签，若事后未得到当事人追认，则补充内容对该当事人无效。例如，丙未经甲授权在合同上手写补充条款并代签，甲事后拒绝追认，则补充内容对甲不产生法律效力。
单方擅自添加：
- 若手写补充是一方擅自添加，未经双方协商，对另一方无法律约束力。例如，小朱与小李签订了一份合同，之后小朱在合同上手写了补充内容，小李发现后认为该补充未经自己同意，不应具有效力，双方因此产生争议。在这种情况下，小朱擅自添加的手写补充对小李无法律约束力。
建议与预防措施
- 完善合同条款：在签订合同时，应尽量将所有条款填写完整，避免后续需要手写补充。
- 谨慎手写补充：若确需手写补充，应确保补充内容清晰、准确、无歧义，并尽快通过正式渠道进行确认和备案，如双方签字、盖章或按手印。
- 预先约定补充方式：双方可在合同中预先约定可以补充的内容及补充方式，以减少未来可能出现的纠纷和风险。
总结来说，合同上手写补充内容在满足双方真实意思表示、协商一致、符合法律规定、形式完备且清晰准确无歧义等条件下具有法律效力。但为确保合同的严谨性和有效性，建议在签订合同时尽可能完善所有条款，并对手写补充内容持谨慎态度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。