商业用地用于工业生产，若未依法办理土地用途变更手续，则属于违法行为；反之，若按照法定程序办理了相关手续并获得批准，则是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情形及法律后果
违反土地用途管制：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，我国实行严格的土地用途管制制度。土地使用者必须严格按照土地出让合同和土地使用证上规定的土地用途使用土地。商业用地是专为商业经营、办公等商业活动而设定的，而工业生产用地则用于工业生产、仓储等工业相关活动。两者在规划、建设、税收等方面均有不同的规定和要求。
- 未经批准擅自将商业用地用于工业生产，即构成对土地用途管制制度的违反，破坏了土地利用的整体规划和布局。
法律责任：
- 县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令限期改正，恢复土地原状，并可能根据情节轻重处以罚款。罚款数额通常依据非法改变用途的土地面积等因素确定。
- 若土地是通过出让方式取得的，擅自改变土地用途还构成对土地出让合同的违约。土地出让方（如当地政府土地管理部门）有权要求土地使用者承担违约责任，包括支付违约金，甚至解除土地出让合同，收回土地使用权，并要求赔偿损失。
- 在违法改变用途的土地上建设的建筑物、构筑物等可能被认定为违法建筑，面临被责令拆除的风险，且相关费用由违法建设者承担。
二、合法的转变途径与条件
依法办理变更手续：
- 若商业用地确实需要转为工业生产用地，必须按照法定程序办理土地用途变更手续。这包括向当地自然资源主管部门提出申请，获得其书面同意，并报请原批准用地的人民政府进行批准。
- 在城市规划区内改变土地用途的，还需先经城市规划行政主管部门同意。
符合城市规划要求：
- 转变后的土地用途必须符合城市规划要求，以确保土地利用的合理性和可持续性。这意味着在申请变更前，需要对拟转变的工业生产用途进行充分的评估和规划，确保其与周边环境和城市发展相协调。
补缴土地出让金差价：
- 经批准后，用地单位通常需要按照规定补缴土地出让金差价，以反映不同土地用途之间的价值差异。这是土地用途变更过程中的一项重要经济措施。
三、注意事项与建议
权属清晰无争议：
- 在办理土地用途变更手续前，应确保商业用地的权属清晰、无争议，并已依法取得土地使用权证书。这是进行任何土地交易或变更的基础和前提。
充分评估风险：
- 在决定转变土地用途前，应对工业生产用途的可行性和风险进行充分评估。这包括市场需求、竞争状况、投资回报等多个方面。同时，还应确保合同条款的合法性和公平性，避免因合同问题引发纠纷。
及时办理手续并缴费：
- 一旦决定转变土地用途，应尽快按照法定程序办理相关手续并缴纳相关税费。避免因拖延或违规操作而面临法律风险和经济损失。
总结：在使用土地时，必须严格遵守相关法律法规和土地用途管制制度。未经批准擅自将商业用地用于工业生产是违法的，并可能面临严重的法律后果。如需转变土地用途，应依法依规进行申请和审批，确保土地使用和建设活动的合法合规性。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。