当遇到工人恶意停工的情况时，企业可以按照以下步骤处理：

一、查阅合同与制度

1. 仔细查看劳动合同：劳动合同是明确双方权利和义务的重要文件。如果合同中明确规定了恶意停工为严重违纪行为，并约定了相应的处理措施，如警告、解除劳动合同等，那么企业可以按照合同条款进行处理。
2. 审查企业规章制度：企业自身的规章制度也是处理此类问题的重要依据。如果规章制度中明确将恶意停工列为严重违纪行为，并规定了相应的处罚措施，企业同样可以据此进行处理。但需注意，解除劳动合同时必须严格遵循《劳动合同法》的相关规定，防止因违法解除而承担赔偿责任。

二、收集证据

1. 现场录像：通过现场录像记录工人停工时的具体情况，包括停工时间、地点、参与人员等，以证明停工行为的存在。
2. 工人签字记录：让参与停工的工人进行签字记录，明确他们的停工行为，并作为证据之一。
3. 证人证言：收集其他工人的证人证言，多方面证实工人的恶意停工事实。这些证据能充分证明停工行为的不合理性，以及该行为给企业带来的损失。

三、沟通协商

1. 主动与工人沟通：了解他们的诉求和停工原因。对于合理的诉求，企业可以与工人协商解决，如改善工作环境、提高工资待遇等。
2. 明确告知后果：若工人的诉求不合理，企业要明确告知他们这种恶意停工的行为违反了法律法规和企业规定，并说明可能面临的后果，如警告、解除劳动合同、承担赔偿责任等。

四、寻求外部帮助

1. 向劳动监察部门投诉：若沟通协商没有效果，企业可以向劳动监察部门进行投诉，请求其介入调查和调解。劳动监察部门有权对企业的劳动用工情况进行监督检查，并对违法行为进行处罚。
2. 申请劳动仲裁：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，企业可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，以解决因工人恶意停工而产生的劳动争议。在申请劳动仲裁时，企业需要准备充分的证据材料，如工人的停工行为记录、双方沟通记录、劳动合同等，以证明工人的停工行为属于恶意，并给用人单位造成了实际损失。
3. 提起民事诉讼：如果企业因停工遭受的损失较大，还可以保留好相关证据，通过民事诉讼的方式要求工人赔偿损失。在提起民事诉讼时，企业需要向法院提交起诉状和相关证据材料，并按照法院的指示进行诉讼程序。

在处理工人恶意停工问题时，企业需保持冷静和理性，遵循法律法规和企业规定，通过合法途径维护自身权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。