养殖场备案超过三年不办，主要面临的法律后果是可能被责令限期改正，若未在规定期限内改正或存在其他严重情节，则可能面临一万元以下的罚款。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《畜禽养殖场备案管理办法》第十一条规定：“兴办畜禽养殖场未备案的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令限期改正；未在规定期限内改正或者存在其他严重情节的，可以处一万元以下罚款。”这一条款明确指出了未备案养殖场的法律责任。

二、法律后果分析

1. 责令限期改正：

   • 县级以上地方人民政府农业农村主管部门在发现养殖场未备案时，会首先责令其限期改正。这是给予养殖场一个补办备案手续的机会，以符合法律法规的要求。

2. 罚款：

   • 若养殖场未在规定期限内改正备案手续，或者存在其他严重情节（如拒不改正、多次未备案等），则可能面临一万元以下的罚款。罚款的数额会根据具体情节的严重程度进行裁定。

三、建议与措施

1. 及时备案：

   • 养殖场应严格按照《畜禽养殖场备案管理办法》的要求，及时向所在地县级人民政府农业农村主管部门提交备案材料，完成备案手续。这是避免法律后果的最直接、最有效的方法。

2. 关注政策变化：

   • 养殖场应密切关注农业农村部门发布的政策变化，确保自身经营行为符合最新法律法规的要求。这有助于减少因政策不了解而导致的违法风险。

3. 咨询专业法律意见：

   • 若养殖场对备案手续或相关法律法规存在疑问，应及时咨询专业律师或农业农村部门的法律顾问，以获取准确的法律意见和指导。

作为南辉律师，我提醒您，养殖场备案是法律法规的明确要求，也是保障畜牧业健康发展的重要措施。因此，建议您务必重视备案手续，及时完成备案，以避免不必要的法律风险和经济损失。若您在备案过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。