结论：在刑事案件中，公司账户是否会被查封取决于案件性质、公司是否涉案以及账户资金是否与案件相关，需分情况讨论。以下是具体分析：

1. 若公司本身是刑事案件的犯罪主体

若公司涉嫌单位犯罪（如非法集资、污染环境、走私等），公安机关在侦查阶段有权依法查封、冻结公司账户。此时：

• 法律依据：根据《刑事诉讼法》第144条，公安机关可对与案件有关的财物采取查封、扣押、冻结措施。
  
• 处理建议：
  
  • 立即委托律师介入，了解案件具体罪名及账户冻结范围；
    
  • 提交证据证明账户中部分资金为合法经营所得（如工资、税款等），申请解冻部分资金以维持公司基本运营；
    
  • 若公司被判有罪，账户资金可能被没收或用于退赔被害人，需提前评估财务影响。

2. 若公司并非犯罪主体，但账户资金与案件相关

例如，公司账户被用于接收赃款、转移犯罪所得，或法定代表人个人犯罪涉及公司账户：

• 法律依据：根据《刑法》第64条，犯罪所得的一切财物应当予以追缴或责令退赔。若账户资金被认定为赃款，可能被冻结并划扣。
  
• 处理建议：
  
  • 证明资金来源合法（如提供合同、发票等）；
    
  • 申请解除冻结时，需证明账户资金与犯罪行为无直接关联；
    
  • 若资金已被划扣，可依法提出异议或通过民事诉讼追偿。

3. 若公司账户被误冻结

实践中可能存在冻结范围扩大或证据不足的情况：

• 法律依据：根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第231条，冻结财产应当与案件有关。
  
• 处理建议：
  
  • 向冻结机关提出书面异议，要求说明冻结理由及法律依据；
    
  • 委托律师申请复议或向检察院申请立案监督；
    
  • 保留账户流水、交易记录等证据，证明资金合法性。

紧急应对措施

1. 联系冻结机关：要求出具《冻结通知书》，明确冻结依据、期限及范围；
   
2. 委托律师介入：律师可调取案卷材料，与办案机关沟通，制定解冻方案；
   
3. 申请生活/经营必要资金：若冻结导致公司无法运营，可申请解冻部分资金（需提供员工工资、税款等证明）。

提示：刑事案件中账户冻结涉及复杂法律程序，建议尽快委托专业律师处理，避免因延误导致资金损失扩大。如有具体案件情况，可直接向我咨询细节。