结论前置：您可以通过准备充分证据、确定被告、撰写起诉状、向法院提起诉讼等步骤来起诉三楼业主补偿损失。以下是具体分析：
明确法律依据与责任归属：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。若三楼厕所漏水导致二楼受损，且该漏水情况持续三年未得到解决，三楼业主可能构成对二楼业主相邻权的侵害，需承担相应的民事责任。
收集并固定证据：
- 漏水事实证据：包括但不限于照片、视频记录漏水情况，以及物业或社区出具的漏水情况说明。
- 损失评估证据：请专业机构对二楼因漏水造成的财产损失进行评估，并出具评估报告。
- 沟通记录证据：保存与三楼业主就漏水问题进行的沟通记录，如短信、微信聊天记录或通话录音，以证明您已多次尝试解决问题但未果。
确定被告与诉讼请求：
- 被告应为三楼房屋的产权人或实际使用人。
- 诉讼请求应明确包括要求三楼业主停止侵害、排除妨碍（如修复漏水点）、赔偿损失（包括财产损失及可能产生的维修费用、误工费等）。
撰写起诉状并提起诉讼：
- 起诉状应详细列明原告、被告信息，诉讼请求，事实与理由（包括漏水情况、损失情况、沟通无果等），以及证据清单。
- 将起诉状及相关证据提交至有管辖权的人民法院，通常为被告住所地或侵权行为地（即漏水发生地）的基层人民法院。
参与诉讼过程：
- 在法院受理案件后，按照法院的通知参与庭前准备、庭审等诉讼活动。
- 在庭审中，充分陈述事实，提供证据，反驳对方的不当主张。
执行判决：
- 若法院判决支持您的诉讼请求，三楼业主应在规定期限内履行判决义务。
- 若三楼业主未履行判决，您可以向法院申请强制执行。
特别提醒：在诉讼过程中，保持冷静与理性，遵循法律程序，避免采取过激行为。同时，考虑到诉讼可能耗时较长，您也可以考虑在诉讼前或诉讼过程中与三楼业主进行调解，以更快解决纠纷。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。