被告若发现刑事案件庭审笔录多处内容造假且已签字，可通过以下方式申诉：

1. 立即提出书面异议
   被告应在发现笔录造假后，第一时间向法院提交书面异议，明确指出笔录中与事实不符的具体内容（如时间、地点、人物陈述、证据记录等），并附上相关证据（如录音、录像、证人联系方式等）证明笔录存在虚假。根据《刑事诉讼法》第238条，若笔录造假导致判决事实不清、证据不足，可能构成程序违法，法院应启动再审程序。

2. 申请法院调查核实
   被告可要求法院调取庭审录音录像（若存在），或申请通知参与庭审的书记员、法警等出庭作证，证明笔录记录与实际庭审情况不符。根据《最高人民法院关于适用〈刑事诉讼法〉的解释》第249条，法院对笔录真实性有疑问时，应依职权调查核实。

3. 向检察院申请法律监督
   若法院未及时处理异议，被告可向同级或上级检察院提交《刑事申诉书》，附上笔录造假证据及法院处理情况，请求检察院启动抗诉或检察建议。根据《人民检察院刑事诉讼规则》第591条，检察院发现法院审判活动违法，有权提出纠正意见。

4. 通过上诉或申诉启动再审

   • 上诉：若案件在一审判决后未生效，被告可在上诉期内（10日）以笔录造假为由提出上诉，要求二审法院撤销原判、发回重审。
     
   • 申诉：若判决已生效，被告可向法院或检察院提出申诉，主张笔录造假导致“新的证据出现”或“原判决事实不清”，符合《刑事诉讼法》第253条规定的再审条件。

关键提醒：

• 被告签字仅表示对笔录形式上的确认，不等于认可内容真实性。若能证明签字时存在胁迫、误导或笔录内容被篡改，签字效力可被推翻。
  
• 申诉需准备完整证据链（如对比笔录与录音、证人证言等），避免仅凭口头主张。
  
• 申诉期限一般为判决生效后2年内，但若存在新证据或法院拒不纠正，期限可适当延长。

建议行动步骤：

1. 整理笔录造假的具体页码、段落及对应证据；
   
2. 撰写书面异议或申诉书，明确请求（如撤销笔录、发回重审）；
   
3. 同步向法院和检察院提交材料，并保留送达回执；
   
4. 跟进处理进度，若3个月内未答复，可向上级机关申请督促。

如有进一步疑问或需协助整理申诉材料，可直接向我提问。