两个以上单位构成单位犯罪且存在同一直接责任人触犯同种罪名的，不实行数罪并罚，而是按单位犯罪的共同犯罪处理，对直接责任人按其在各单位犯罪中的作用和情节综合量刑。具体分析如下：

一、法律定性：单位犯罪与自然人犯罪的区分是前提

根据《刑法》第三十条，单位犯罪需以单位名义实施、体现单位意志、利益归单位所有。若同一自然人作为两个以上单位的直接责任人员（如法定代表人、项目经理），以单位名义实施同种犯罪（如两个公司均构成污染环境罪），则：

1. 单位主体独立性：每个单位均独立构成单位犯罪，需分别承担刑事责任；
2. 责任人员竞合性：直接责任人因同时代表多个单位实施犯罪，其刑事责任需合并评价，但不适用自然人犯罪的数罪并罚规则。

二、处理原则：按单位共同犯罪处理，责任人量刑综合考量

1. 对单位：分别定罪处罚

每个单位作为独立犯罪主体，按其犯罪情节（如污染环境罪的排放量、后果）承担罚金等刑罚。例如：

• A公司排放超标3倍，判处罚金50万元；
• B公司排放超标5倍，判处罚金80万元。

2. 对直接责任人：按作用和情节综合量刑

直接责任人虽涉及多个单位犯罪，但因其行为本质是单位意志的体现，故：

• 不数罪并罚：自然人犯罪的数罪并罚规则（如《刑法》第六十九条）仅适用于自然人独立实施多个犯罪的情形，而单位犯罪中的责任人行为属于单位行为的一部分；
• 量刑依据：根据其在各单位犯罪中的具体作用（如主导决策、直接实施）、犯罪情节（如主观恶性、危害后果）及《刑法》分则对单位犯罪直接责任人的量刑规定（如污染环境罪对直接责任人可处三年以下有期徒刑或拘役），综合确定刑期。

示例：张三作为A公司、B公司的直接责任人，均因污染环境被追责。法院可能认定：

• A公司犯罪中张三起主要作用，B公司犯罪中起次要作用；
• 结合两案排放总量、后果严重性，对张三在三年以下有期徒刑幅度内从重处罚（如二年六个月），而非将两案刑期简单相加。

三、特殊情形：责任人独立实施犯罪行为的例外

若直接责任人超出单位意志，利用职务便利实施与单位犯罪无关的同种犯罪（如单位构成非法吸收公众存款罪，责任人个人又实施集资诈骗罪），则：

1. 对单位：按单位犯罪定罪处罚；
2. 对责任人：单位犯罪部分按前述规则处理，个人犯罪部分按自然人犯罪定罪，两罪数罪并罚。

关键区分点：行为是否体现单位意志、利益是否归单位所有。

总结建议

1. 单位犯罪中同一责任人涉同种罪名的，原则上不数罪并罚，而是按单位共同犯罪处理，对责任人综合量刑；
2. 需严格区分单位行为与个人行为，避免将责任人独立犯罪混入单位犯罪处理；
3. 具体案件需结合犯罪情节、责任人作用等细节，建议提供更多案情信息以便进一步分析。

如有具体案件或细节需要探讨，欢迎随时向我咨询。