针对您提出的“基本农田上有建筑物遮挡农作物该如何赔偿”的问题，这是一个涉及法律权益和农业生产损失的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、责任认定与法律依据

首先，需要明确的是，如果建筑物不合理地遮挡了基本农田上的农作物采光，影响了农作物的正常生长，那么这构成了一种侵权行为。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，特别是第二百九十三条（建造建筑物不得妨碍相邻建筑物的通风、采光和日照，这一规定同样适用于相邻的庄稼地）和第二百三十八条（不动产权利人可以依法请求损害赔偿），受损的农作物所有者有权要求责任方进行赔偿。

二、损失计算与赔偿范围

在确定赔偿时，需要合理计算因建筑物遮挡所造成的损失。这通常包括以下几个方面：

1. 产量损失：根据农作物品种、种植面积、正常年份产量及实际减产情况来计算。可以参考当地农业部门的数据或同区域类似种植情况的平均产量。

2. 品质下降损失：考虑光照不足导致的农作物品质降低对销售价格的影响。这可能需要通过市场调研来确定具体的损失金额。

3. 种植成本投入：包括种子、化肥、农药、灌溉费用及人工成本等。这些成本作为损失的一部分，也应纳入赔偿范围。

三、赔偿方式与标准

赔偿方式可以多种多样，包括但不限于：

1. 协商赔偿：双方可以协商赔偿金额与方式，如一次性支付或分期支付，并签订赔偿协议以明确双方的权利和义务。

2. 调解：如果协商不成，可以请求基层调解组织或相关行业主管部门介入调解，以寻求双方都能接受的解决方案。

3. 诉讼：若调解无果，受损方可以向人民法院提起民事诉讼，提交充分证据支持其赔偿主张。

在赔偿标准方面，通常会根据实际遮阴面积、农作物全年收成单位产量及农作物种类、生长周期等因素来综合确定。如果遮挡影响长期持续，除了一次性赔偿外，还可以考虑给予定期支付的长期补偿。

四、处理原则与建议

在处理此类问题时，应遵循《民法典》规定的相邻关系处理原则，即有利生产、方便生活、团结互助、公平合理。同时，我建议您：

• 保留好相关证据，如农作物生长情况的照片、视频，以及农业专家的鉴定报告等。
• 积极与责任方沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
• 如果协商不成，可以及时寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。

综上所述，建筑物遮挡基本农田上的农作物确实构成侵权行为，责任方需依法进行赔偿。在处理此类问题时，应充分考虑实际情况和相邻关系处理原则，确保双方的合法权益得到妥善平衡与保护。