结论：个人自建房许可证上标注有天井，但实际建房时未建造天井，这一行为是否合法，需结合具体情况及相关法律法规进行综合判断，一般情况下可能涉及违规，但需根据实际审批内容、变更程序及地方规定来确定。
一、从规划审批角度分析
规划许可的严肃性：
- 规划许可证是城乡规划主管部门根据城乡规划要求，对建设项目的位置、面积、高度、层数等进行的明确规定。许可证上的内容具有法律约束力，建设单位或个人必须严格按照规划许可的内容进行建设。
- 若许可证上明确标注了天井，而实际建设中未建造，这可能构成对规划许可的违反。
变更规划许可的程序：
- 若因特殊原因需要变更规划许可内容（如取消天井），建设单位或个人应向城乡规划主管部门提出申请，经审核同意后，方可变更规划许可。
- 未经批准擅自变更规划许可内容的，属于违法行为。
二、从地方规定角度分析
地方性法规的差异：
- 不同地区对自建房的管理规定可能存在差异。一些地区可能对天井的设置、尺寸等有具体要求，而另一些地区则可能较为宽松。
- 因此，是否合法还需结合当地的具体规定来判断。
地方政策的灵活性：
- 在某些情况下，地方政策可能允许在一定范围内对规划许可进行微调。但这种微调通常需要经过严格的审批程序，并确保不影响整体规划布局和周边环境。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若未经批准擅自取消天井建设，可能面临城乡规划主管部门的处罚，包括责令停止建设、限期改正、罚款等。
- 若该行为对周边环境或他人权益造成损害，还可能承担民事赔偿责任。
建议：
- 核实规划许可内容：首先确认规划许可证上是否确实标注了天井，以及该标注是否具有法律约束力。
- 咨询当地规划部门：若对规划许可内容有疑问或需要变更，应及时向当地城乡规划主管部门咨询并办理相关手续。
- 遵守法律法规：在自建房过程中，应严格遵守相关法律法规和规划许可要求，确保建设行为的合法性。
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