仲裁确定劳动关系的麻烦程度因具体情况而异，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、程序角度
劳动仲裁确定劳动关系需要遵循一定的流程，包括提交仲裁申请、受理、送达、开庭审理、裁决等环节。从程序上看，这确实需要一定的时间和精力去准备和跟进。但只要您熟悉流程，按照要求准备相关材料，如仲裁申请书、证据等，并遵循仲裁机构的指引，这个过程是可以顺利进行的。
举例：假设您因为未签订劳动合同而与用人单位就劳动关系存在争议，您需要准备工资流水、考勤记录、工作证等能够证明您与用人单位存在事实劳动关系的证据，并填写仲裁申请书提交给劳动仲裁委员会。仲裁委受理后会安排开庭，双方进行质证和辩论，最终作出裁决。
二、案件事实和法律适用角度
案件事实清晰：如果案件事实清晰，双方对争议焦点、证据等不存在较大分歧，且法律适用明确，那么仲裁过程会相对顺利。例如，您有明确的工资发放记录、考勤记录等证据，且这些证据能够充分证明您与用人单位存在劳动关系，那么仲裁机构在审理时会更容易作出裁决。
案件事实复杂：如果涉及复杂的劳动关系认定、薪资计算、规章制度解读等问题，或者双方证据繁多、争议激烈，那么仲裁过程可能会比较复杂。例如，您与用人单位就工作时间、工作地点、工作内容等存在争议，且双方提供的证据相互矛盾，那么仲裁机构在审理时需要花费更多的时间和精力去调查和核实。
三、准备程度角度
准备充分：如果您在仲裁前做好了充分的准备，包括收集证据、了解法律适用、熟悉仲裁流程等，那么仲裁过程会相对顺利。因为您已经对案件有了全面的了解，能够更好地应对仲裁过程中可能出现的问题。
准备不足：如果您在仲裁前没有做好充分的准备，比如证据收集不全面、法律适用不明确、对仲裁流程不熟悉等，那么仲裁过程可能会遇到更多的困难和挑战。因为您需要在仲裁过程中临时去收集证据、了解法律适用等，这会增加仲裁的复杂性和不确定性。
法律建议
提前准备：在申请劳动仲裁前，建议您提前收集好相关证据，如劳动合同、工资流水、考勤记录等，并了解相关的法律适用和仲裁流程。
寻求专业帮助：如果您对仲裁流程或法律适用不熟悉，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供专业的法律意见和指导，帮助您更好地应对仲裁过程中可能出现的问题。
保持耐心和理性：劳动仲裁是一个相对严谨的过程，需要一定的时间和精力去完成。在这个过程中，建议您保持耐心和理性，不要因为一时的困难或挫折而放弃维权。
总结来看，仲裁确定劳动关系的麻烦程度取决于多种因素。但只要您做好充分的准备、清晰把握案件事实和法律依据，并寻求专业帮助，就能在一定程度上减少麻烦程度，更有效地维护自身权益。如果您在劳动仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。