当土地合同被法院判决无效时，处理方式需要依据相关法律法规，并结合合同的具体情况来进行。以下是一些详细且深入的处理建议：

一、返还财产

合同被确认无效后，首要的处理原则是返还财产，旨在使双方的财产关系恢复到合同订立前的状态。

• 发包方已交付土地：若发包方已将土地交付给承包方使用，承包方在合同无效后应返还该土地。
• 承包方已交付承包费用：若承包方已向发包方支付了承包费用，发包方在合同无效后应返还该费用。

二、折价补偿

在某些情况下，财产可能无法返还或没有必要返还，此时应进行折价补偿。

• 承包方投入：若承包方在土地上进行了一定的投入（如改良土壤、建设设施等），且这些投入无法返还，发包方需对投入部分进行折价补偿。补偿金额通常根据投入的实际价值、使用年限及市场价格等因素综合确定。

三、赔偿损失

有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。若双方都有过错，则各自承担相应的责任。

• 发包方过错：如发包方故意隐瞒土地权属问题、未履行告知义务等导致合同无效，应赔偿承包方的相关损失，包括但不限于直接经济损失、预期利益损失等。
• 承包方过错：如承包方未履行审查义务、擅自改变土地用途等导致合同无效，也应承担相应的赔偿责任。
• 双方过错：若双方都存在过错，如审查不严、未履行告知义务等，则按过错程度分担损失。

四、重新签订合同

若双方仍有继续合作的意愿，且已消除了导致合同无效的因素，可以重新签订合法有效的土地承包合同。

• 明确权利义务：新合同应明确双方的权利和义务，包括土地用途、承包期限、承包费用、违约责任等条款。
• 保障合法性：确保新合同符合相关法律法规的规定，避免再次出现无效情形。

五、注意事项

• 证据收集：在整个处理过程中，当事人应特别注重搜集和保存相关的证据材料，如合同文本、支付凭证、沟通记录等。这些证据对于维护自身合法权益至关重要。
• 法律途径：若双方无法就合同无效后的处理达成一致意见，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等法律途径来解决争议。

六、相关拓展问题

• 土地上附着物的归属及处理：合同无效后，土地上附着物的归属及处理问题通常要根据双方的过错程度以及实际投入情况等来确定。
• 土地恢复原状的具体要求和费用承担：若一方在承包期间对土地进行了改造，合同无效后如何恢复以及费用由谁来承担，也是需要关注的问题。这通常需要根据改造的性质、程度及双方过错等因素来综合判断。

综上所述，当土地合同被法院判决无效时，应依据相关法律法规和合同的具体情况来处理。通过返还财产、折价补偿、赔偿损失、重新签订合同等方式来维护双方的合法权益。同时，在整个处理过程中要注重证据收集和法律途径的运用。