明知犯罪嫌疑人已死亡，一般不可以再对其立案进行刑事追诉，但存在特殊情形。以下从不同角度为您详细分析：

一、一般情形：犯罪嫌疑人死亡后不予刑事立案

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：其中就包括“犯罪嫌疑人、被告人死亡的”。立案是刑事诉讼启动的标志，旨在追究犯罪嫌疑人的刑事责任。而犯罪嫌疑人死亡后，刑事诉讼的目的（即对其进行定罪量刑）无法实现，因此在立案前发现犯罪嫌疑人死亡的，不应立案；若在立案后发现犯罪嫌疑人死亡的，应撤销案件。

举例说明：假设张某因涉嫌盗窃被公安机关立案侦查，但在侦查过程中，张某因意外事故死亡。此时，公安机关应当撤销对张某的刑事案件立案，不再对其进行刑事追诉。

二、特殊情形：共同犯罪中其他嫌疑人仍被追究，案件继续

虽然犯罪嫌疑人死亡后一般不予刑事立案，但在共同犯罪案件中，如果还有其他犯罪嫌疑人，那么案件会继续进行，其他犯罪嫌疑人依然要被追究刑事责任。此时，虽然死亡的犯罪嫌疑人不再被立案追诉，但案件的整体侦查和审理工作并不会因此停止。

举例说明：李某和王某共同涉嫌抢劫，公安机关对两人立案侦查。在侦查过程中，李某因病死亡。此时，公安机关会撤销对李某的刑事案件立案，但会继续对王某进行侦查和追诉。

三、民事部分的处理不受影响

犯罪嫌疑人死亡后，虽然刑事诉讼程序会受到影响，但对于犯罪嫌疑人死亡但存在民事赔偿等其他相关事宜的，不影响民事部分依法处理。例如，因犯罪行为导致的民事赔偿责任，即使犯罪嫌疑人死亡，受害者仍有权利通过合法途径主张权益。

举例说明：赵某因交通肇事致人死亡后逃逸，后在逃逸过程中死亡。虽然赵某已经死亡，无法对其进行刑事追诉，但对于其造成的民事赔偿责任，受害者家属仍然可以通过民事诉讼途径向赵某的遗产继承人主张赔偿。

四、特定犯罪类型下的违法所得没收程序

在贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件中，如果犯罪嫌疑人死亡，但依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。这是一种特殊的程序，旨在追缴犯罪嫌疑人的违法所得，防止其因死亡而逃避法律责任。

举例说明：某官员因涉嫌贪污受贿被立案侦查，但在侦查过程中死亡。此时，人民检察院可以向人民法院提出没收该官员违法所得的申请，以追缴其贪污受贿所得的财物。

总结与建议：

明知犯罪嫌疑人已死亡，一般不可以再对其立案进行刑事追诉。但在共同犯罪中，其他犯罪嫌疑人仍会被追究刑事责任；同时，民事部分的处理不受影响；在特定犯罪类型下，还可以启动违法所得没收程序。如果您或他人遇到类似情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自身合法权益。