结论：同居期间男方偷拿女方保险柜里的财物，办案机关是否上门取证需结合具体情况判断，但存在上门取证的可能性。以下从法律程序、证据固定、案件性质三个角度展开分析：

1. 法律程序角度：公安机关有权依法取证

根据《刑事诉讼法》第52条，公安机关在侦查刑事案件时，有权收集、调取与案件有关的证据材料。若女方已报警并指控男方涉嫌盗窃（如财物价值达到刑事立案标准，通常为1000元至3000元以上，具体以地方标准为准），公安机关会启动侦查程序。此时，办案人员可能上门对保险柜进行勘验、检查，提取指纹、痕迹等物证，或询问女方、男方及其他目击者，以固定证据链。

2. 证据固定角度：现场取证是常见手段

若保险柜仍保留被破坏痕迹（如撬锁、划痕）、财物存放位置未被完全破坏，或女方能明确指认财物缺失情况，公安机关可能选择上门取证。例如：

• 保险柜内有残留指纹、工具痕迹，需现场提取；
  
• 女方能提供财物购买凭证、监控录像（如室内摄像头）等辅助证据，需结合现场情况核实；
  
• 男方可能辩解财物为“共同所有”或“女方赠与”，需通过现场勘验反驳其主张。
  但若财物已被转移、现场被清理，或女方无法提供具体财物清单，公安机关可能通过询问笔录、调取银行记录等方式取证，而非必须上门。

3. 案件性质角度：刑事与民事的区分

• 若构成刑事犯罪（盗窃罪）：公安机关会主动介入，上门取证概率高，目的是追究男方刑事责任；
  
• 若仅为民事纠纷（如财物归属争议）：女方需通过民事诉讼主张返还，此时取证主体为女方或其委托的律师，可通过申请法院调查令、要求男方举证等方式收集证据，公安机关一般不会主动上门。
  

建议：

1. 女方应立即报警并保留现场（如不破坏保险柜痕迹、保存相关凭证）；
   
2. 若财物价值较高或男方拒不承认，可同步委托律师介入，协助固定证据（如申请财产保全、调取监控）；
   
3. 避免与男方私下冲突，防止证据被销毁或案件性质被歪曲。
   

如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合具体细节为您分析。