事故认定书和自行协商协议书在性质、目的、法律效力、制作主体与程序等方面均存在显著差异，不能将两者混为一谈。以下是对这两者的详细比较：
一、性质与目的
事故认定书：
- 性质：由公安机关交通管理部门根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作的作为处理交通事故的证据。
- 目的：详细载明交通事故的基本事实、成因和当事人的责任，为处理交通事故提供法律依据。
自行协商协议书：
- 性质：在道路交通事故发生后，当事人在未造成人身伤亡且对事故事实及成因无争议的情况下，自行协商处理损害赔偿事宜所达成的书面协议。
- 目的：快速解决事故赔偿问题，恢复交通秩序，减少因事故引发的纠纷和延误。
二、法律效力
事故认定书：
- 具有较高的法律效力，是处理交通事故的重要依据。它不仅是当事人申请保险理赔、提起民事诉讼等的重要证据，也是公安机关交通管理部门对交通事故进行处罚的依据。
自行协商协议书：
- 主要体现当事人的自愿协商结果，虽然对当事人具有约束力，但其法律效力相对较低。它更多是作为当事人之间解决赔偿问题的依据，而非处理交通事故的官方文件。
三、制作主体与程序
事故认定书：
- 制作主体：公安机关交通管理部门。
- 制作程序：根据法定程序进行现场勘验、检查、调查，并依据检验、鉴定结论制作事故认定书，然后送达当事人。
自行协商协议书：
- 制作主体：事故当事人自行协商并制作。
- 制作程序：无需经过公安机关交通管理部门，当事人可以在事故现场或事后自行协商并签订协议书。
四、实际应用中的注意事项
对于事故认定书：
- 当事人应认真核对事故认定书的内容，确保其准确无误。
- 如对事故认定书有异议，可以在规定时间内向上一级公安机关交通管理部门提出复核申请。
对于自行协商协议书：
- 当事人在签订前应充分了解事故情况和相关法律法规，确保协议内容合法、合理。
- 协议书应详细记录事故情况、责任认定及赔偿安排，以避免后续纠纷。
- 如在履行协议过程中发生争议，当事人可以协商解决或依法向人民法院提起诉讼。
举例说明：假设两车在道路上发生轻微碰撞，未造成人身伤亡且双方对事故事实及成因无争议。此时，双方可以选择自行协商处理赔偿事宜，并签订自行协商协议书。然而，如果事故较为严重或双方对责任认定存在争议，则应等待公安机关交通管理部门出具事故认定书，以作为处理事故的依据。
在实际应用中，应根据事故的具体情况和当事人的需求选择合适的处理方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。