个人建设用地使用权可以与村集体合作办厂，但需满足法定条件并履行相应程序，具体分析如下：

1. 法律框架与土地性质限制

根据《土地管理法》第六十三条，集体经营性建设用地（即原属于村集体、经依法登记为经营性用途的土地）可通过出让、出租等方式交由单位或个人使用，用于工业、商业等经营性项目。因此：

• 若个人建设用地使用权属于集体经营性建设用地，且已通过法定程序（如村民会议三分之二以上成员同意、报县级政府批准）取得使用权，则可与村集体合作办厂。
• 若土地为宅基地或公益性建设用地（如学校、医院用地），则不得用于非农建设，合作办厂可能涉嫌违法。

2. 合作模式与程序要求

合作需符合以下程序：

• 签订书面合同：明确双方权利义务（如土地使用期限、收益分配、违约责任等）。
• 办理规划许可：工厂建设需符合乡镇土地利用总体规划，并取得乡村建设规划许可证。
• 登记备案：合作协议需向县级自然资源主管部门备案，确保土地用途合法。

3. 风险提示与合规建议

• 土地用途变更风险：若合作涉及改变土地原用途（如将农业用地转为工业用地），需依法办理农用地转用审批，否则可能面临行政处罚或合同无效。
• 村民权益保障：合作需经村民会议或村民代表会议同意，避免因程序瑕疵引发纠纷。
• 收益分配争议：建议明确收益分配比例（如按投资比例或土地贡献比例），并约定争议解决方式（如仲裁或诉讼）。

4. 实务操作建议

• 核查土地权属：通过不动产登记中心查询土地性质、用途及权利限制。
• 完善合作协议：委托律师起草协议，明确土地交付、建设标准、环保责任等条款。
• 办理行政审批：提前向乡镇政府、自然资源部门咨询所需材料及流程。

如有具体合作方案或土地权属疑问，可直接向我提供细节，我将进一步分析合规性并制定解决方案。