在合同中存在两次履行归还期限的情况下，判断自履行期限届满之日起的计算方式，主要取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同有明确约定的情况
分别计算：
- 如果合同中明确规定了两个不同的履行期限，并且分别约定了每个期限届满后的权利义务，那么应当分别计算每个期限届满后的时间。例如，合同可能规定“甲方应在X年X月X日前支付第一笔款项，乙方应在Y年Y月Y日前交付货物”，那么对于甲方而言，自X年X月X日起计算其未支付款项的违约责任；对于乙方而言，自Y年Y月Y日起计算其未交付货物的违约责任。
合并计算（需合同明确）：
- 在极少数情况下，合同可能约定将两个履行期限合并计算，即在一个期限届满后，另一个期限才开始计算或视为同时届满。但这种情况较为特殊，且需要合同中有明确的约定。
二、合同无明确约定或约定不明的情况
根据交易习惯或行业惯例：
- 如果合同中没有明确约定两个履行期限的关系，且双方对此存在争议，那么可以参照交易习惯或行业惯例来判断。例如，在某些行业中，可能存在“先付款后交货”的惯例，那么在这种情况下，可以认为付款期限的届满是交货期限计算的前提。
根据法律规定：
- 如果合同中没有明确约定，且无法根据交易习惯或行业惯例判断，那么应当依据相关法律法规的规定。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚信原则，确定该条款的真实意思。如果仍然无法确定，可以视为双方对履行期限没有约定或者约定不明确，此时可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定；如果仍然无法确定，债务人可以随时履行，债权人也可以随时请求履行，但是应当给对方必要的准备时间。
分别主张权利：
- 在合同无明确约定或约定不明的情况下，如果两个履行期限是独立的，那么双方可以分别就各自的履行期限届满后主张权利。例如，甲方可以就乙方未按时交付货物主张违约责任，同时乙方也可以就甲方未按时支付款项主张违约责任。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在签订合同时，应当仔细审查合同条款，明确两个履行期限的关系以及各自届满后的权利义务。
及时沟通协商：
- 如果在履行过程中发现合同对两个履行期限的关系约定不明或存在争议，应当及时与对方沟通协商，达成补充协议或明确各自的权利义务。
寻求法律帮助：
- 如果无法通过沟通协商解决问题，可以寻求法律帮助，通过法律途径解决争议。
举例说明：假设一份买卖合同中规定“买方应在合同签订后10日内支付50%的货款，卖方应在收到货款后20日内交付货物”。那么对于买方而言，自合同签订后第11日起计算其未支付50%货款的违约责任；对于卖方而言，自收到货款后第21日起计算其未交付货物的违约责任。如果合同中没有明确规定两个期限的关系，且双方对此存在争议，那么就需要根据交易习惯、行业惯例或相关法律法规来判断。
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