进行亲子鉴定时，主要使用的是父子双方的生物样本，这些样本能够提供足够的遗传信息以进行比对和分析。具体来说，常用的样本类型包括：

1. 血液样本：血液是亲子鉴定中最常用的样本之一，因为它含有丰富的DNA信息。通过采集父子双方的血液样本，可以提取出DNA进行比对，从而确定亲子关系。

2. 口腔拭子样本：口腔拭子也是一种方便且常用的样本采集方式。通过使用特制的拭子在口腔内壁轻轻擦拭，可以收集到足够的口腔细胞，这些细胞中含有DNA，同样可以用于亲子鉴定。

3. 其他生物样本：除了血液和口腔拭子外，还可以使用其他生物样本进行亲子鉴定，如头发（带有毛囊）、指甲、精液等。这些样本中也含有DNA，但采集和处理过程可能相对复杂一些。

在进行亲子鉴定时，重要的是确保样本的采集、保存和运输过程符合规范，以保证鉴定结果的准确性。同时，亲子鉴定应该由具有合法资质和专业技术能力的机构进行，以确保鉴定结果的法律效力和可靠性。

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