药店让店员当企业负责人确实存在一定风险，这些风险主要体现在法律责任、质量安全以及经营管理等多个方面。以下是对这些风险的详细分析：
法律责任风险：
- 药店企业负责人需确保药店的经营活动完全符合相关法律法规，这包括但不限于药品的采购、储存、销售等环节。若店员作为企业负责人，因不熟悉相关法律法规或操作不当，导致药店出现违法违规行为，如超范围经营、未按规定储存药品等，那么该店员作为企业负责人将可能面临行政处罚，包括但不限于罚款、吊销许可证等。
- 在极端情况下，如果药店的违法行为构成犯罪，如销售假药、劣药等，企业负责人还可能承担刑事责任。
质量安全风险：
- 药店企业负责人对药店药品的质量安全负有直接责任。这包括确保药品的真伪、有效期等关键信息准确无误。若店员作为企业负责人，因管理不善或疏忽大意，导致假药、劣药流入市场，或者药品因储存不当而变质，进而引发消费者健康损害，那么该店员将承担相应的民事赔偿责任，甚至可能涉嫌刑事犯罪。
经营管理风险：
- 药店企业负责人需负责药店的整体运营管理，包括人员管理、财务管理等。若店员作为企业负责人，缺乏必要的经营管理能力和经验，导致药店经营不善，如库存积压、资金链断裂等，进而造成药店亏损甚至倒闭，那么该店员可能需承担经济损失，并可能面临来自股东、债权人等利益相关方的追责。
法律建议：
- 药店在选择企业负责人时，应优先考虑具备药学相关专业背景、一定从业经验、熟悉药品相关法律法规、具备良好管理能力和诚信品德的人员。
- 若药店确实需要让店员担任企业负责人，应确保该店员具备上述必要条件，并对其进行充分的培训和指导，以确保其能够胜任企业负责人的职责。
- 药店应建立健全内部管理制度和风险防控机制，定期对企业负责人的工作进行监督和评估，及时发现并纠正潜在的风险和问题。
可能的法律后果：
- 若药店企业负责人因违法违规行为或管理不善导致药店出现严重问题，将可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任等法律后果。这些后果不仅会对药店本身造成重大损失，还会对企业负责人的个人声誉和职业生涯产生严重影响。
综上所述，药店让店员当企业负责人确实存在一定风险。因此，药店在选择企业负责人时应谨慎考虑，并采取相应的措施来降低风险。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。