支付令的管辖不能通过合同约定来确定，而是严格遵循法定管辖原则，即由债务人住所地基层人民法院管辖。以下是对这一问题的详细分析：

一、支付令的法定管辖

根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，债权人申请支付令，必须由债务人住所地基层人民法院管辖。这一规定旨在确保支付令程序的高效性和统一性，避免因当事人约定管辖可能带来的管辖混乱。支付令作为特别程序，其管辖是法定的，不允许当事人通过约定来改变。

二、约定管辖的适用范围及限制

虽然约定管辖（或称协议管辖、合意管辖）在合同纠纷和其他财产权益纠纷中是适用的，但必须遵循一定的规则和限制：

1. 适用范围：约定管辖主要适用于合同纠纷和其他财产权益纠纷。
2. 限制条件：
   • 不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 可供选择的法院范围包括被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院。
   • 约定管辖必须采用书面形式，且选择必须是确定的、单一的，不得选择两个或两个以上的法院。
   • 约定内容不明确或同时约定诉讼和仲裁的条款无效。
   • 一方以欺诈、胁迫手段或者乘人之危达成的管辖协议也无效。

三、支付令与约定管辖的关系

尽管在一般合同纠纷或其他财产权益纠纷中，当事人可以通过书面协议选择管辖法院，但在支付令程序中，这一规则并不适用。支付令的管辖是法定的，不允许当事人通过约定来改变。这是因为支付令程序旨在快速、便捷地督促债务人履行金钱、有价证券给付义务，法定管辖确保了程序的高效性和统一性。

四、支付令申请的其他注意事项

在申请支付令时，除了管辖问题外，债权人还需注意以下事项：

1. 确保债权人与债务人之间没有其他债务纠纷。
2. 确保支付令能够送达债务人。
3. 人民法院受理支付令申请后，将审查债权债务关系是否明确、合法，并在受理之日起十五日内向债务人发出支付令。

总结与建议：

支付令的管辖不能通过合同约定来确定，而是由债务人住所地基层人民法院管辖。当事人在其他合同纠纷或财产权益纠纷中，虽然可以依法约定管辖，但在涉及支付令时，应特别注意其管辖的特殊性。如果您在支付令申请或合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。