您好，关于自建房改造是否需要由有资质的单位承建以及其合法性的问题，我可以为您详细解答。
首先，自建房改造是否需要由有资质的单位承建，这主要取决于自建房的层数和当地的具体规定。根据我国相关法律法规，农民自建两层（含两层）以下的住宅，承建方可以不需要建筑从业资质。但是，如果自建房是三层（含三层）以上的，那么承建方就必须具备相应的建筑从业资质。这是因为高层建筑的建设涉及到更多的安全和技术问题，需要由专业的建筑团队来承建，以确保建筑的质量和安全。
接下来，关于自建房改造的合法性，这主要取决于是否履行了相关的规划和审批手续。自建房必须取得规划和审批手续后才能进行建设，否则将被视为违法建设。具体来说，在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物建设的，需要向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。而在乡、村庄规划区内使用原有宅基地进行农村村民住宅建设的，也需要申请并取得《乡村建设规划许可证》。
此外，自建房在改造过程中还需要注意以下几点：
不准未批先建：建房前，应先由建筑公司或专业施工团队出具施工图纸，并向所属政府递交申请，经过审批后才可以动工。
不准超面积标准建造：在城市、镇规划区内建房的，应当严格按照审批面积建房。对于农村自建房，实行“一户一宅”原则。
不得少批多建：不得超出审批的范围占地建设住宅，否则将被相关行政机关认定为违法建设。
不准随意翻修翻建房屋：翻修翻建旧房、危房时，需要向城乡规划主管部门或者村委会递交申请，审批通过并获得相关许可证后才可以动工。
不得违反国家有关工程建设标准：不得违反相邻建筑物的通风、采光和日照等规定。
最后，关于自建房的使用用途，也有明确的限制。自建房仅仅是房屋自建，依然不准擅自改变用途。比如，在宅基地上自建的房屋，其设置的目的是保障农村集体经济组织成员基本居住需要，仅限于建造个人住宅，不允许以建自建房的方式改变用途，如建设工厂、“小产权房”或经营性用房。
综上所述，自建房改造是否需要由有资质的单位承建以及其合法性，都取决于具体的层数、规划和审批手续以及使用用途等因素。希望这些解答能够帮助您更好地了解自建房改造的相关规定和要求。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。