擅自进入军事管理区是违法的，一般由公安机关和军事机关共同处理。以下是对此问题的详细分析：

一、法律定性

根据《中华人民共和国治安管理处罚法》以及相关军事法规，擅自进入军事管理区属于违法行为。军事管理区是军队进行军事训练、战备执勤、军事科研等活动的特殊区域，受到法律的严格保护。未经许可，任何单位和个人不得擅自进入。

二、处理机关

1. 公安机关：对于擅自进入军事管理区的行为，公安机关有权依据《中华人民共和国治安管理处罚法》进行处罚。这包括但不限于警告、罚款、拘留等措施。
2. 军事机关：军事机关作为军事管理区的管理主体，对擅自进入的行为也有权进行制止和处理。他们可能会根据具体情况，采取更为严格的措施，如强制带离、没收违法所得等。

三、具体处理措施

1. 制止与警告：军事设施管理单位的执勤人员一旦发现有人擅自进入军事管理区，会立即予以制止，并发出警告，要求其立即离开。
2. 罚款与拘留：如果擅自进入者不听劝阻，或者情节严重，公安机关可能会依据相关法律法规，对其处以罚款或者拘留的处罚。
3. 刑事责任：在极端情况下，如果擅自进入军事管理区的行为涉及盗窃、破坏军事设施等严重犯罪，那么行为人还可能面临刑事责任的追究。

四、实际案例

以宁夏中宁县公安局破获的盗窃军用炮弹残片案为例，嫌疑人马某、李某等人明知军事管理区内正在进行实弹演习，仍伺机躲开边哨，破坏围栏，多次逃避哨兵的追赶，进入军事管理区盗窃炮弹残片。这一行为不仅严重违反了法律法规，还对自己和他人的生命安全构成了极大的威胁。最终，这些嫌疑人被依法采取刑事强制措施或行政拘留。

五、建议与提醒

1. 遵守法律法规：广大市民应严格遵守国家法律法规，不得擅自进入军事管理区或其他禁止进入的区域。
2. 增强安全意识：在日常生活和工作中，应增强安全意识，避免因好奇或无知而触犯法律。
3. 及时报告：如果发现有人擅自进入军事管理区或其他可疑情况，应及时向公安机关或军事机关报告。

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