若双方按协议已履行完毕，但之后发现协议内容违法，处理方式需视具体情况而定。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、协议违法性的认定
首先，需要明确的是，协议的违法性可能涉及多个方面，如违反法律法规的强制性规定、违背公序良俗等。若协议内容确实违法，那么该协议自始无效，即从签订之时起就不具有法律效力。
二、已履行完毕协议的处理
恢复原状：
- 若协议被认定为无效，且双方已经按照协议履行完毕，理论上，双方应当恢复原状，即返还因协议履行而获得的财产或利益。但在实际操作中，由于财产或利益可能已经消耗或转化，恢复原状可能面临困难。
- 例子：若双方签订了一份买卖合同，但合同标的物为违禁品，合同无效。若双方已交易完毕，买方需返还违禁品（若可能），卖方需返还买方支付的款项。
赔偿损失：
- 若因协议无效导致一方或双方遭受损失，受损方有权要求过错方赔偿损失。赔偿范围通常包括直接损失和间接损失，但需根据具体情况和过错程度来确定。
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
行政或刑事责任：
- 若协议内容涉及严重违法，如欺诈、贿赂等，相关方可能还需承担行政责任或刑事责任。这取决于违法行为的性质和严重程度。
- 例子：若协议涉及商业贿赂，相关方可能面临罚款、没收违法所得等行政处罚，甚至可能被追究刑事责任。
三、后续行动建议
评估协议违法性：
- 首先，需要评估协议的违法性程度和可能产生的法律后果。这可能需要咨询专业律师或法律机构。
协商解决：
- 若双方对协议无效及后续处理无争议，可以尝试通过协商解决。协商内容可以包括恢复原状的方式、赔偿损失的金额等。
法律途径：
- 若协商无果，或一方拒绝承担责任，受损方可以通过法律途径维护自己的权益。这包括向法院提起诉讼或向相关行政机构投诉。
预防未来风险：
- 在未来的合同订立中，应更加谨慎地审查合同内容，确保合同不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。必要时，可以咨询专业律师进行合同审查。
总结来说，若双方按协议已履行完毕，但之后发现协议内容违法，处理方式需根据协议的违法性程度、双方过错程度以及实际损失情况来综合确定。建议双方首先评估协议的违法性，然后尝试通过协商解决；若协商无果，可以通过法律途径维护自己的权益。同时，为预防未来风险，应在合同订立时更加谨慎。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。