公司签订的协议书，在满足一定条件下是合法的，具有法律效力。具体来说，这些条件包括：

1. 主体合格：

   • 签订协议的公司必须是依法设立的法人组织，具备独立的民事权利能力和民事行为能力。这意味着公司应已完成注册登记，能够独立享有民事权利和承担民事义务。如果一方公司不具备合法的主体资格，比如尚未完成注册或已被吊销营业执照，那么它所签订的协议可能是无效的。

2. 意思表示真实：

   • 协议内容必须是公司真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。双方在签订协议时，应基于平等、自愿的原则进行协商，确保协议条款反映双方的真实意图。如果一方公司在被欺诈、胁迫或存在重大误解的情况下签订了协议，那么受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。

3. 内容合法合规：

   • 协议的内容不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益以及他人的合法权益。同时，协议内容也不得违背公序良俗和公司章程。例如，两家公司约定共同进行违法活动的协议，就是因内容违法而无效的。此外，协议中的条款应明确、具体，避免模糊不清或产生歧义。

4. 形式符合要求：

   • 法律、行政法规规定采用书面形式的，应当采用书面形式。对于某些特殊类型的合同，如建设工程合同，法律可能明确规定了特定的形式要求。因此，在签订协议时，双方应严格按照法律规定的形式要求执行，以确保协议的合法性。

5. 遵守特定行业或领域规定：

   • 如果公司之间签订的协议涉及特定行业或领域的特殊规定，还需要遵守相应的行业规范或法律法规。例如，在金融行业，公司间签订的协议可能需要遵守金融监管机构的相关规定；在知识产权领域，协议可能需要明确知识产权的归属和使用方式等。

可能存在的风险及建议：

• 协议无效情形：如果协议存在欺诈、胁迫、恶意串通损害国家或第三人利益、以合法形式掩盖非法目的、损害社会公共利益或违反法律行政法规的强制性规定等情形，那么该协议可能是无效的。
• 可撤销协议：如果协议存在显失公平或重大误解等情形，受损害方有权在知道或应当知道撤销事由之日起一年内行使撤销权。一旦撤销权被行使并经法院或仲裁机构确认，该协议将被撤销并自始没有法律约束力。

建议：

• 在签订协议前，公司应仔细审查协议内容，确保其符合法律法规的要求，并咨询专业律师或法律顾问的意见。
• 双方在签订协议时应保持诚信、公平、自愿的原则，确保协议内容的真实性和合法性。
• 如果对协议效力有疑虑，比如怀疑协议内容存在潜在违法风险或不确定签订过程是否存在意思表示瑕疵，都应及时寻求法律帮助。

作为马新丽律师，我专注于合同纠纷、公司事务领域，如果你有任何关于公司签订协议书的法律问题，都可以直接向我咨询。