村委公章长期放在镇政府是不合法的。以下从法律角度进行详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国村民委员会组织法》的规定，乡、民族乡、镇的人民政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，但是不得干预依法属于村民自治范围内的事项。村民委员会作为村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，其公章的管理和使用应当属于村民自治的范畴。

同时，民政部、公安部发布的《关于规范村民委员会印章制发使用和管理工作的意见》也明确规定，村民委员会成员在届内被集体罢免的，印章由乡级人民政府暂时代管。这意味着，除非村委会成员遭遇集体罢免，否则乡镇政府无权将公章收缴或长期保管。

二、公章管理的重要性

村委公章是村级公共权力的象征，在办理村公共事务和公益事业方面具有重要作用。它不仅是村民行使权利、履行义务的重要凭证，也是村委会对外开展活动、签订合同等法律行为的必要工具。因此，公章的管理和使用必须严格遵守法律法规，确保公章的安全、有效和合法使用。

三、镇政府代管村章的弊端

1. 违背村民自治原则：镇政府代管村章，实际上是对村民自治权利的干预和限制，违背了村民自治的基本原则。
2. 影响村民生产生活：村民在办理各种证明事项、审批宅基地、贷款担保等重要事项时，都需要使用村委公章。如果公章被镇政府长期保管，村民需要辗转到镇里盖章，不仅增加了办事成本和时间，还可能因镇政府工作人员休假等原因导致盖章被耽搁，影响村民的正常生产生活。
3. 降低村级治理活力：村章是村级公共权力的象征，如果村委会不能自行使用公章，村庄事务便无法照常运行，村民自我管理、自我监督、自我服务的积极性必然会受到影响，进而降低村级治理的活力和后劲。

四、建议与措施

1. 立即整改：对于存在镇政府代管村章情况的乡镇，应立即组织整改，将村委会的公章还位于村，确保公章的安全、有效和合法使用。
2. 加强监管：乡镇政府应加强对村委会公章管理和使用的监管，建立健全公章管理制度，明确公章的使用范围、审批程序和责任追究等事项。
3. 数字化赋能：可以探索数字化技术赋能公章管理，如推出村（居）印章数智化管理机制，将群众用章申请、网上审批、智能盖章等流程在线上串联起来，提高公章管理的效率和透明度。

如有任何关于村委公章管理或使用的法律问题，可以直接向我咨询。