村委会公章由镇政府管理一般是不合法的，以下从不同角度进行分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国村民委员会组织法》的相关规定，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织，实行民主选举、民主决策、民主管理、民主监督。村民委员会向村民会议、村民代表会议负责并报告工作。这表明，村委会作为自治组织，其日常管理和运作应当由村民自主决定，包括公章的管理和使用。镇政府作为行政机关，其职责是指导和支持村委会的工作，而非直接管理村委会的内部事务，如公章的管理。

实际操作角度

1. 公章管理的重要性：村委会公章是村委会对外行使职权、代表村民意志的重要凭证。公章的管理和使用直接关系到村委会的权威性和村民的合法权益。因此，公章的管理应当由村委会自行负责，确保公章使用的合法性和规范性。
2. 镇政府管理的潜在问题：如果镇政府直接管理村委会公章，可能会导致村委会在行使职权时受到不必要的干预和限制，影响村委会的自治功能。同时，镇政府作为行政机关，其管理方式可能更加注重行政效率和程序规范，而忽视了村委会作为自治组织的特殊性和灵活性。

合法管理建议

1. 制定公章管理制度：村委会应当制定完善的公章管理制度，明确公章的保管、使用、审批等程序和责任。这有助于确保公章使用的合法性和规范性，防止公章被滥用或盗用。
2. 加强监督和管理：村委会应当加强对公章使用的监督和管理，定期对公章使用情况进行检查和审计。同时，可以建立公章使用登记制度，对每一次公章使用进行详细记录，以便追溯和查询。
3. 寻求法律支持：如果村委会在公章管理方面遇到法律问题或困惑，可以寻求法律支持或咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助村委会合法、规范地管理公章。

特殊情况说明：虽然一般情况下镇政府管理村委会公章是不合法的，但在某些特殊情况下，如村委会无法自行管理公章或存在严重管理问题时，镇政府可以在法律框架内提供必要的指导和支持。然而，这种指导和支持应当遵循法律原则和程序，不得侵犯村委会的自治权和村民的合法权益。

如果村委会或村民对镇政府管理公章的行为有异议或认为侵犯了其合法权益，可以通过法律途径进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。