结论前置：
- 若双方协商的两年还款时间已到，但对方仍有部分款项未还，您有权要求对方继续履行还款义务。
- 若对方拒绝履行，您可以通过法律途径，如申请强制执行，来维护自己的合法权益。
详细分析：
一、继续履行还款义务
在法院已判决的情况下，双方又协商了两年还款时间，这实际上是对原判决还款期限的一种变更或补充。当这个协商的期限届满时，如果对方仍有部分款项未还，那么对方就构成了违约。根据合同法和相关民事法律的规定，违约方应当继续履行其还款义务，直至全部款项还清。
法律建议：
- 您应当首先与对方进行沟通，明确告知其违约的事实，并要求其继续履行还款义务。
- 如果对方表示愿意继续还款，但需要一定的时间，您可以考虑与对方再次协商，确定一个新的还款计划。
二、通过法律途径维护权益
如果对方拒绝继续履行还款义务，或者虽然表示愿意还款但一直拖延不付，那么您就需要通过法律途径来维护自己的合法权益了。
具体步骤：
准备相关证据：
- 法院的判决书：证明对方应当还款的事实和金额。
- 双方协商的还款协议（如有）：证明双方对还款期限有过明确的约定。
- 对方未还款的证据：如银行转账记录、对方承认未还款的聊天记录或录音等。
向法院申请强制执行：
- 如果对方在协商的还款期限届满后仍未还款，您可以向作出判决的法院申请强制执行。
- 申请强制执行时，需要提交强制执行申请书、生效法律文书副本、申请人身份证明及可供执行的财产线索等材料。
法院采取执行措施：
- 法院受理申请后，会采取查询、冻结、划拨存款，扣留、提取收入，查封、扣押、拍卖、变卖财产等多种执行措施，以迫使对方履行还款义务。
考虑其他法律手段：
- 如果对方有能力执行而拒不执行，且情节严重，可能构成拒不执行判决、裁定罪。您可以向法院反映情况或由法院移送公安机关立案侦查，也可直接向公安机关报案。
- 一旦罪名成立，对方将面临刑事处罚，这通常会对对方产生较大的震慑作用，促使其履行还款义务。
法律后果提示：
- 如果对方始终拒绝履行还款义务，且您未采取任何法律措施，那么您可能会面临无法收回款项的风险。
- 采取法律措施虽然需要一定的时间和精力，但通常是维护自己合法权益的有效途径。
总结与建议：
面对对方在协商还款期限届满后仍未完全履行还款义务的情况，您应当首先与对方进行沟通，要求其继续履行还款义务。如果沟通无果，您应当及时向法院申请强制执行，并通过法律途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，建议您保留好相关证据，以便在需要时提供证明。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。