针对您提出的“二、三轮摩托车非法营运处罚依据及执法主体”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、执法主体
二、三轮摩托车非法营运的管理及处罚涉及多个政府部门，主要包括：
公安机关交通管理部门：
- 负责维护社会治安和交通秩序，对违反道路交通安全法律、法规的行为进行处罚，这自然包括非法营运的二、三轮摩托车。
交通运输主管部门：
- 在道路运输管理方面负有主要职责，负责对道路运输经营活动进行监督检查，查处未经许可擅自从事道路运输经营的行为，二、三轮摩托车的非法营运也在其管辖范围内。
城市管理部门（综合执法部门）：
- 参与对二、三轮摩托车非法营运的管理，主要关注其对城市交通秩序、环境卫生和市容市貌的影响，对乱停乱放、随意揽客等行为进行整治。
二、处罚依据
对于二、三轮摩托车非法营运的处罚，主要依据以下法律法规：
《中华人民共和国道路交通安全法》：
- 该法规定了道路交通安全的基本准则，对于非法营运的二、三轮摩托车，公安机关交通管理部门可依据此法处以罚款，并可能扣留车辆。
《中华人民共和国道路运输条例》：
- 该条例是道路运输管理的基本法规，对于未取得道路运输经营许可的非法营运行为，县级以上地方人民政府交通运输主管部门有权责令停止经营，并处以罚款。罚款金额根据违法所得的多少或违法行为的严重程度来裁定。
三、具体处罚措施
扣留车辆并处罚款：
- 首次查获时，执法部门会扣留车辆并处以不低于一定金额的罚款（具体金额可能因地区政策而异）。
- 再次查获时，除了扣留车辆外，还会加重罚款，并可能对驾驶员进行记分处罚。
没收违法所得并处罚款：
- 对于有违法所得的非法营运行为，交通运输主管部门会责令停止经营，并没收违法所得。同时，根据违法所得的金额处以罚款，罚款金额为违法所得的2倍以上10倍以下。
- 若没有违法所得或违法所得不足一定金额，则直接处以一定金额的罚款（具体金额由县级以上道路运输管理机构根据实际情况裁定）。
其他可能的处罚：
- 在非法营运情节严重的情况下，相关部门有权暂扣或吊销驾驶员的相关证件（如驾驶证）。
- 在某些地区，如果非法营运行为达到了较为严重的程度，执法部门还有权没收非法营运的车辆。
- 如果驾驶二、三轮摩托车非法营运的同时，还存在其他交通违法行为（如闯红灯、逆行、超载等），公安交通管理部门将根据具体的违法行为进行额外处罚。
四、建议与结论
二、三轮摩托车非法营运是违法行为，将受到法律的严格制裁。处罚标准虽然因地区和具体情况而异，但都遵循了相关法律法规的规定。因此，我建议二、三轮摩托车的驾驶员严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动。同时，乘客也应选择合法合规的交通工具出行，以保障自身权益和安全。