集体土地已被征收的情况下，自规部门通常不能再进行确权，但在某些特殊情况下，经过法定程序和审核，有可能进行确权。以下是对这一问题的详细分析：
一、通常情况下的确权问题
集体土地被征收后，其所有权已转移给国家，土地性质发生了根本性变化，从集体所有转为国有。因此，在通常情况下，自规部门（自然资源和规划部门）不会再对已被征收的集体土地进行确权。这是因为确权的前提是土地所有权或使用权存在争议或不明确，而征收行为已经明确了土地的所有权归属。
二、特殊情况下的确权可能性
尽管在通常情况下，已被征收的集体土地不能再进行确权，但在某些特殊情况下，仍然存在确权的可能性。这些特殊情况主要包括：
部分土地未被完全征收：在征收过程中，可能因规划调整等原因导致部分土地未被征收完毕。对于这些未被征收的土地，如果其所有权或使用权存在争议或不明确，自规部门在经过法定程序和审核后，有可能进行确权。
征收补偿协议未完全履行：如果征收补偿协议未完全履行，导致部分土地的使用权或收益权存在争议，相关方也可以申请对相应土地进行确权。在这种情况下，自规部门会根据相关法律法规和具体情况，进行审查并作出决定。
三、诉讼案例分析
关于集体土地被征收后能否确权的诉讼案例，虽然具体案例可能因地区、时间、事实等因素而有所不同，但一般来说，法院在审理此类案件时，会重点关注以下几个方面：
征收行为的合法性：法院会审查征收行为是否符合相关法律法规的规定，包括征收程序是否合法、补偿标准是否合理等。如果征收行为存在违法情形，法院可能会支持相关方的确权请求。
土地权属的争议性：法院会审查相关方是否对土地权属存在争议，以及争议的具体内容和依据。如果相关方能够提供充分的证据证明其对土地享有所有权或使用权，法院可能会支持其确权请求。
法定程序和审核的履行情况：如果自规部门在特殊情况下进行了确权，法院会审查其是否履行了法定程序和审核义务。如果自规部门未按照法定程序进行确权，或者审核不严格导致确权结果错误，法院可能会撤销确权决定。
四、法律建议
对于集体土地被征收后能否确权的问题，我建议相关方在遇到此类情况时，首先应当了解相关法律法规和政策规定，明确自己的权利和义务。如果认为自己的权益受到侵害，可以及时向自规部门或相关部门提出申请或投诉，并保留好相关证据。如果无法通过协商或行政途径解决问题，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。